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割手密醛脱氢酶ScALDH基因的克隆与表达分析
  • ISSN号:1000-3142
  • 期刊名称:《广西植物》
  • 时间:0
  • 分类:Q943[生物学—植物学]
  • 作者机构:[1]云南农业大学农学与生物技术学院,昆明650201, [2]中国农业科学院作物科学研究所,北京100081
  • 相关基金:国家自然科学基金(31560417); 云南省应用基础研究重点项目(2015FA024); 云南省现代农业甘蔗产业技术体系建设项目(2009-2015); 云南省重点新产品开发计划项目(2012BB014); 云南省高原山地作物可持续生产系统研究创新团队项目(云科人发[2012]18号)
中文摘要:

该研究从甘蔗细茎野生种(割手密Saccharum spontaneum)中克隆抗旱相关的基因Sc ALDH,并分析其在干旱处理条件下的表达情况和序列特征。利用RT-PCR技术克隆甘蔗的ALDH基因片段,并对其核苷酸和氨基酸序列进行分析。使用NCBI Blastx、ORF finder、Mega、NCBI Conserved Domain Search等程序对其分别进行不同物种氨基酸比较、开放阅读框(ORF)寻找、进化树及保守序列分析,并用Real Time-PCR分析所克隆基因在干旱胁迫前后的表达差异。结果表明:克隆出甘蔗的ALDH基因片段,总长度为1996bp,其中蛋白质编码区(CDS)全长1524bp,编码508个氨基酸;与其它物种ALDH类蛋白氨基酸序列有很高的同源性,有ALDH家族的保守序列,并含有完整的开放阅读框,系统进化树分析显示与玉米的蛋白质亲缘关系最近;Real timePCR数据表明,在干旱胁迫下,随着干旱时间的延长,该基因的表达量呈持续积累的表达模式。总体上来说,该基因对干旱胁迫显著表达。利用RT-PCR技术克隆的甘蔗ALDH基因,属于ALDH蛋白家族的一员,具有其典型的功能域,该基因在干旱胁迫过程中参与抗旱作用。该研究结果为野生种资源开发、优良抗旱亲本选择和培育抗旱性强甘蔗品种提供了参考依据。

英文摘要:

We cloned a drought resistant ALDH gene with RT-PCR gene from Saccharum spontaneum,detected the gene expression level under different drought conditions,and analyzed the nucleotide and amino acid sequences with Blastx,Conserved Domain Search,ORF finder and MEGA. We compared the amino acids among different species,and tried to find reading frames in the sequence,to search conserved Domain and to make evolutionary tree. We analyzed the gene expression level of the cloned gene in drought stress with real time-PCR. The total length of the ALDH gene fragment cloned was 1996bp,including 1524bp coding sequence,which was encoded 508 amino acids. The cloned sequence had a very high homology with other species' amino acid sequences and had the conserved sequences of ALDH family,a complete open reading frame as well. Phylogenetic tree analysis showed that protein had the closest relationship with corn. The real time-PCR data showed that the expression of the gene was expressed in a continuous accumulation mode. On the whole,the gene responds to drought stress. The cloned gene belong to the ALDH protein family,which has its typical function domain. The expression pattern analysis showed that the gene was involved in the process of drought stress. The results of this study aimed at developing the excellent resources of wild species,as well as to explore the drought resistance of these resources. The study provides the basis for the selection of the parents of the fine and drought resistance in the future.

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期刊信息
  • 《广西植物》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西科学院
  • 主办单位:广西壮族自治区中国科学院广西植物研究所 广西植物学会
  • 主编:李先琨
  • 地址:桂林市雁山
  • 邮编:541006
  • 邮箱:guihaia@gxib.cn
  • 电话:0773-3550074
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3142
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1134/Q
  • 邮发代号:48-43
  • 获奖情况:
  • 本刊1996、2000、2004、2008年连续四届入选为"国...,2001年起入选为"中国期刊方阵双效期刊",2002年起入选为"中国科学引文数据库(CSCD)核心期刊",2004、2006、2008、2010年连续入选为国家科技部"...,2005年起被评定为"中国科技精品期刊",编入由全国...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:14545