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基于归一化编辑距离的系统进化树重构
  • ISSN号:0254-0037
  • 期刊名称:北京工业大学学报
  • 时间:0
  • 页码:1211-1215
  • 语言:中文
  • 分类:TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]北京工业大学计算机学院,北京100022
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(60775010);北京市自然科学基金资助项目(4052005);北京市属市管高等学校“中青年骨干教师培养计划”项目PHR(IHLB).
  • 相关项目:基于极大紧邻子树和神经网络的聚类分类模型及其在生物特征识别中的应用
中文摘要:

为了克服传统距离法在构建进化树时需要进行多序列比对所带来的计算复杂度问题,提出了利用两两序列之间的归一化编辑距离矩阵来构造进化树的方法.通过对11种脊椎动物和20种哺乳动物的Nd5、Nd4和Cytb的基因序列以及线粒体全基因组序列数据,分别计算归一化编辑距离矩阵,并使用Neighbor—Joining法,重建了一些已被多种方法验证过的进化树.

英文摘要:

In order to conquer the computational complexity problem caused by multiple sequence alignment in traditional distance methods, this paper presents a new tree-construction method, which uses a normalized edit distance matrix between pairs of sequences and the Neighbor-Joining algorithm to construct phylogenetic trees Using sequences of Nd5, Nd4, Cytb and mtDNA respectively from 11 vertebrate species and 20 mammalian species, the method can successfully generate consistent phylogenetic trees with those which have been examined by several other approaches.

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期刊信息
  • 《北京工业大学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:北京市教委
  • 主办单位:北京工业大学
  • 主编:卢振洋
  • 地址:北京市朝阳区平乐园100号
  • 邮编:100124
  • 邮箱:xuebao@bjut.edu.cn
  • 电话:010-67392535
  • 国际标准刊号:ISSN:0254-0037
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2286/T
  • 邮发代号:2-86
  • 获奖情况:
  • 中国高等学校自然科学学报优秀学报二等奖,北京市优秀期刊,华北5省市优秀期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:11924