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p-SAGE:基因集合的参数统计分析方法(英文)
  • ISSN号:1000-3282
  • 期刊名称:《生物化学与生物物理进展》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学] O212[理学—概率论与数理统计;理学—数学]
  • 作者机构:[1]清华大学生物信息与系统生物学研究所,生物信息学教育部重点实验室,生物膜与膜技术国家重点实验室,清华大学生物科学与技术系,北京100084
  • 相关基金:国家高技术研究发展计划(863)(2006AA020403),国家重点基础研究发展计划(973)(2009CB918801)和国家自然科学基金(30770498)资助项目.
中文摘要:

肿瘤的发生与发展通常是由重要的细胞通路表达水平的反常导致的.尽管目前已经有很多工作利用基因表达谱数据以及一些其他的先验知识来寻找那些与肿瘤相关的基因集合,但还是没有一个恰当的基因集合的统计学方法.大多数研究都是直接将单基因的检验方法直接应用到基因集合上来.提出了基因集合的参数统计分析方法(p-SAGE),这个方法应用到大脑肿瘤的实验中,识别了许多显著的基因集合.一些新发现的基因集合是与信号转导和免疫相关的.这个简便有效的方法可以得出有生物学意义的结果.

英文摘要:

Tumor genesis and development often result from deregulation of important biological pathways at the gene expression level.Although there has been much work focused on searching gene sets using gene expression data or other prior information,proper statistical testing of the gene sets is still an open question.Most studies have expanded the testing method of a single gene into the gene sets.Parametric statistical analysis of gene sets (p-SAGE) was presented for determining the significant gene sets or pathways associated with a phenotype of interest.The method was applied to brain tumor experiments to identify many gene sets.Some of the newly discovered gene sets were related to signal transduction and immunity.This simple and effective method gives useful biologically meaningful results.

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期刊信息
  • 《生物化学与生物物理进展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院生物物理研究所 中国生物物理学会
  • 主编:王大成
  • 地址:北京市朝阳区大屯路15号
  • 邮编:100101
  • 邮箱:prog@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888459
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3282
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2161/Q
  • 邮发代号:2-816
  • 获奖情况:
  • 1999年中国期刊奖提名奖,2000年中国科学院优秀期刊特别奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,美国科学引文索引(扩展库),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18821