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碧桃花瓣转录组微卫星特征分析
  • ISSN号:1000-2006
  • 期刊名称:《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q948[生物学—植物学] Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]南京林业大学南方现代林业协同创新中心,江苏南京210037
  • 相关基金:国家林业公益性行业科研专项重大项目(201304102);国家自然科学基金项目(31270711);江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)
中文摘要:

为开发碧桃转录组微卫星信息,利用454高通量测序技术,对其花瓣转录组序列进行SSR位点发掘,结果发现含SSR的序列4705条,共得到5668个SSR,平均每3.49 kb出现1个SSR。微卫星序列主要以三碱基重复为主,约占总数的42.66%。笔者共发现516种碱基重复基元,所占比例最高的为(AG/CT)n(18.34%),其次是( AAG/CTT) n(12.42%)。微卫星多为重复长度小于20 bp 的短序列,长度大于20 bp 的微卫星仅占总数的12.13%。研究还发现碧桃花瓣微卫星的频率和长度呈显著负相关( P<0.05),相关系数为-0.246。

英文摘要:

To obtain information of Prunus persica cv. duplex, the transcriptome of peach flowers were sequenced by 454 high-throughput sequencing technology. A total of 5 668 SSRs were identified in 4 705 sequences, with an average densi-ty of one SSR per 3.49 kb. Tri-nucleotide repeats were the most abundant, accounted for 42.66% of all SSRs. Among all the 516 SSR motifs, ( AG/CT ) n was the most frequent repeat motif ( 18.34%) , followed by the ( AAG/CTT ) n ( 12.42%) . The microsatellites in length below 20 bp were in maximum proportion, while the microsatellites over 20 bp were only 12.13%. There were significant negative correlation ( P〈0.05) between the frequency of microsatellites and the length, the correlation coefficient was -0.246.

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期刊信息
  • 《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:南京林业大学
  • 主编:曹福亮
  • 地址:南京市龙蟠路159号南京林业大学学报编辑部
  • 邮编:210037
  • 邮箱:xuebao@njfu.edu.cn
  • 电话:025-85428247 85427076
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2006
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1161/S
  • 邮发代号:28-16
  • 获奖情况:
  • 全国高校优秀学术期刊一等奖、江苏省自然科学学报...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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