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基于分子信标技术的CYP2C8基因139A/G单核苷酸多态性检测的初步研究
  • ISSN号:1000-5404
  • 期刊名称:第三军医大学学报
  • 时间:2015.6.15
  • 页码:1075-1079
  • 分类:R394-33[医药卫生—医学遗传学;医药卫生—基础医学] R446[医药卫生—诊断学;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]第三军医大学西南医院检验科,重庆400038
  • 相关基金:国家自然科学基金面上项目(81371641,81171419); 国家人社部留学人员科技活动择优项目(2013)
  • 相关项目:基于纳磁放大断端对接式发夹型DNA探针的乳腺癌化疗精确SNP重靶微阵列研究
中文摘要:

目的基于分子信标技术设计一种新型的断接式发夹探针,利用该探针建立并优化检测CYP2C8基因139A/G单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)的方法。方法首先运用生物信息学软件设计断接式发夹探针,合成目的探针和靶序列,再探索反应体系的最适温度和最适探针浓度比,最后利用该方法对CYP2C8 139A/G的SNP进行检测。结果断接式发夹探针识别靶序列中SNP位点的最适杂交温度为40℃,反应体系中荧光探针与淬灭探针的最适浓度比为1∶4。在最适温度和最适探针浓度比的反应条件下,断接式发夹探针与CYP2C8基因原始靶序列反应体系的荧光强度为(7 632.0±8.7)RFU,而与突变靶序列反应体系的荧光强度为(6 425.7±6.1)RFU,两者差异有统计学意义(P〈0.05)。结论新型的断接式发夹探针可以有效区分原始序列和突变序列,是一种可以用于检测CYP2C8基因139A/G SNP位点的新方法。

英文摘要:

Objective To design a new fracture-connective hairpin probe based on the technique of molecular beacons, and then to establish and optimize a new method to detect the 139A/G single nucleotide polymorphism (SNP) of CYP2C8 gene by the probe. Methods Firstly, the fracture-connective hairpin probe was designed through the bioinformatic software, and then the desired probes and target sequences were synthesized. The optimal temperature and concentration ratio of probe were explored for the reaction system. At last, this method was performed to detect the 139A/G SNP of CYP2C8 gene. Results The optimal hybridization temperature for the fracture-connective hairpin probe was 40 ℃ to distinguish the SNP of target sequence, and the optimal hybridization ratio was 1 : 4 of fluorescence probe to quenching probe. Under the condition of optimal temperature and ratio, the fluorescent intensity of the reaction system of the fracture- connective hairpin probe and CYP2C8 gene primary sequence was 7 632.0 ± 8.7 RFU, while that of of the fracture-connective hairpin probe and CYP2C8 gene mutational sequence was 6 425.7 ± 6. 1 RFU. There was difference significance between the 2 reaction systems ( P 〈 0.05 ). Conclusion Our new type of fracture- connective hairpin probe can effectively distinguish the primary and mutational sequences, and can be used to detect the 139A/G SNP of CYP2C8 gene. This study lays experimental foundation for the rapid and high- throughput SNP detection.

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期刊信息
  • 《第三军医大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:第三军医大学
  • 主办单位:第三军医大学
  • 主编:钱桂生
  • 地址:重庆市沙坪坝区高滩岩30号第三军医大学学报编辑部
  • 邮编:400038
  • 邮箱:aammt@mail.tmmu.com.cn
  • 电话:023- 68752187
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-5404
  • 国内统一刊号:ISSN:50-1126/R
  • 邮发代号:78-91
  • 获奖情况:
  • 先后20余次获全国、全军、教育部和省、市优秀科技...,2003年、2005年两度被评为"国家期刊奖百种重点科...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:47530