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基因芯片表达在乳腺癌转移过程中的聚类分析
  • ISSN号:1001-9626
  • 期刊名称:《生物数学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O212.2[理学—概率论与数理统计;理学—数学]
  • 作者机构:[1]中科院上海生科院计算生物学研究所,上海200031, [2]嘉兴学院统计系,浙江嘉兴314001, [3]南开大学数学科学学院,天津300071, [4]天津医科大学肿瘤研究所,天津300060
  • 相关基金:国家自然科学基金(10271061,90208022);天南大联合研究项目、刘徽应用数学研究中心资助;中国博士后科学基金资助(200604000683)
中文摘要:

利用基因芯片可以得到不同基因在不同生命过程中的表达,因此在医学诊断与病变分析中受到重视,并开始大量应用.经测定发现,不同基因在病变过程的不同阶段中的表达是不相同的,由此可以得到在病变过程的不同基因的表达特征.在本文中,我们给出了乳腺癌在转移过程中的基因表达特征的聚类分析法分析,并改进了k-means聚类算法,使之具有自动搜索聚类数的功能,并且有助于改善k-means算法的聚类结果陷入局部最小值的状况.通过对平均聚类误差指标的比较,kr—means要优于k-means算法.本文所得到的结果可供乳腺癌诊断与病变分析参考,同时可以应用于小型基因检测芯片的制备,也可以用于构建基因网络调控图.

英文摘要:

We propose an ameliorated k-means algorithm, named kr-means. A recursive iteration step is introduced to the kr-means algorithm. This step avoids guesstimating the k in k-means algorithm and compute k automatically. According the average error of the clustering, kr-means shows better performance comparing with k-means.

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期刊信息
  • 《生物数学学报》
  • 北大核心期刊(2008版)
  • 主管单位:中国数学会
  • 主办单位:中国数学会生物数学学会
  • 主编:陈兰荪
  • 地址:辽宁省鞍山师范学院158号
  • 邮编:114007
  • 邮箱:smbjbm@tom.com
  • 电话:0412-2960893
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-9626
  • 国内统一刊号:ISSN:34-1071/O1
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国数学评论(网络版),德国数学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版)
  • 被引量:5686