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组氨酸电离能与红外光谱的密度泛涵理论计算研究
  • ISSN号:1000-0593
  • 期刊名称:《光谱学与光谱分析》
  • 时间:0
  • 分类:O657.3[理学—分析化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]云南师范大学物理与电子信息学院,云南昆明650092
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(10764006)
中文摘要:

采用混合密度泛函理论中的B3LYP方法,并结合6-31G(d)、6-31G(df,p)、6-31+G(d)和6-311+G(2d,2p)四种基组,首次系统地计算了蛋氨酸在空气、四氯化碳、四氢呋喃、水和模拟蛋白质环境中的几何结构、电离能和红外光谱。研究结果表明,在不同的基组和介质环境下,蛋氨酸的几何参数与晶体结构实验参数相比,其键长和键角的差值分别小于0.0271(?)和5.32°;但二面角相差12.04°~122.11°;在同一计算方法下,介质的介电常数越高,分子的单点能越低,电离能也越小,对应的主要振动频率随之减小,强度增大;蛋氨酸的电离能比组氨酸的计算结果高0.33eV~0.56eV。所有数据均显示,较高基组下的计算结果更接近实验值。该研究为深入探索叶绿素与蛋氨酸配位后在光反应中心中的功能与作用提供了理论参考依据。

英文摘要:

In combination with four basis sets:6-31G(d),6-31G(df,p),6-31+G(d) and 6- 311+G(2d,2p),a B3LYP method of the hybrid density functional theory is used to calculate the geometry, ionization energy and infrared spectra of methionine in air,CC14,THF,water and simulated protein environment systematically for the first time.The research result shows that for different basis sets and media,the changes in bond length and bond angle of methionine are less than 0.027l(?)and 5.322°respectively compared with those of the crystal structure.But their changes in dihedral angle are in the range 12.04°to 122.11°.With a same calculation method,the higher the dielectric constant of the medium is,the lower the single point energy is and the lower the ionization energy is.Thus, the prominent corresponding vibration frequencies decrease and the intensity increases.The ionization energy of methionine is 0.33eV to 0.56eV higher than the calculation result of the histidine.All calculations show that the results calculated by using the higher basis sets with diffusion functions are closer to the experimental data.This study is helpful to the further understanding of functional and vibrational properties of chlorophyll-a ligated to methionine in photosynthetic reaction center.

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期刊信息
  • 《光谱学与光谱分析》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国光学学会
  • 主编:高松
  • 地址:北京海淀区魏公村学院南路76号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:chngpxygpfx@vip.sina.com
  • 电话:010-62181070
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-0593
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2200/O4
  • 邮发代号:82-68
  • 获奖情况:
  • 1992年北京出版局编辑质量奖,1996年中国科协优秀科技期刊奖,1997-2000获中国科协择优支持基础性高科技学术期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国生物医学检索系统,美国科学引文索引(扩展库),英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:40642