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应用ANN/HMM混合模型预测蛋白质二级结构
  • ISSN号:1001-3695
  • 期刊名称:《计算机应用研究》
  • 时间:0
  • 分类:R318.04[医药卫生—生物医学工程;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]天津医科大学基础医学院,天津300070, [2]天津医科大学生物医学工程系,天津300070
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金资助项目(30770545)
中文摘要:

针对3-状态隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMM)预测蛋白质二级结构准确率不高的问题,提出15-状态HMM,通过改进的算法与BP神经网络相结合进行二级结构预测。研究对象为CB513数据集中筛选出的492条蛋白质序列,将其随机均分7组。应用混合模型进行预测,对准确率进行7-交叉验证,Q3准确率达77.21%,SOV值为72.52%。结果表明,混合模型既能充分考虑相邻氨基酸残基间的相互影响,也能在一定程度上照顾二级结构的远程相关性,因此带来了较好的预测准确率。

英文摘要:

Aimed at the lower accuracy of 3-state hidden Markov model for protein secondary structure prediction, proposed 15-state HMM. Using modified algorithm of HMM to predict secondary structure combined with BP neural networks. Selected 492 proteins from the dataset CB513, and divided them into 7 even subsets. Applied the hybrid model to predict secondary structure and evaluated its accuracy by 7-fold cross validation. The hybrid model appeared to be very efficient, with Q3 score of 77.21% and SOV of 72.52%. The results show that the hybrid model not only captures the local information, but also considers the long-distance information. So it gets higher prediction accuracy.

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期刊信息
  • 《计算机应用研究》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:四川省科学技术厅
  • 主办单位:四川省计算机研究院
  • 主编:刘营
  • 地址:成都市成科西路3号
  • 邮编:610041
  • 邮箱:arocmag@163.com
  • 电话:028-85210177 85249567
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-3695
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1196/TP
  • 邮发代号:62-68
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点科技期刊,国内计算技术类重点核心期刊,国内外著名数据库收录期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:60049