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虾夷扇贝脂多糖诱导的肿瘤坏死因子LITAF基因的克隆及表达分析
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:遗传
  • 时间:2012
  • 页码:736-741
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]辽宁师范大学生命科学学院,大连116029, [2]辽宁省海洋水产科学研究院,辽宁省海洋水产分子生物学重点实验室,大连116023, [3]厦门大学海洋与环境学院,厦门361005, [4]国家海洋环境监测中心,大连116023
  • 相关基金:国家海洋公益性行业科研专项(编号:200805037); 国家自然科学基金项目(编号:31140073)资助
  • 相关项目:文蛤抗病基因标记的筛选及分子遗传基础
中文摘要:

脂多糖诱导的肿瘤坏死因子(Lipopolysaccharide-induced TNF-alpha factor,LITAF)是一类重要的炎症细胞因子,在先天性免疫系统中发挥重要的介质作用。文章根据虾夷扇贝LITAF基因EST序列,应用RACE技术克隆了虾夷扇贝LITAF全长cDNA,对序列及编码的氨基酸进行生物信息学分析。结果显示,该基因cDNA全长1 551 bp,其5′非编码区包含76 bp,3′非编码区包含1 001 bp;开放阅读框(ORF)为474 bp,编码157个氨基酸,氨基酸序列中存在一个保守的LITAF结构域;理论分子量16.99 kDa,等电点为6.24。LITAF基因序列为3 698 bp,由3个外显子和两个内含子组成。利用实时荧光定量PCR技术分析LITAF在虾夷扇贝不同组织、不同胚胎发育阶段以及鳗弧菌(Vibrio anguillarum)刺激后各时间段的表达情况。结果表明:LITAF基因在所检测的6个成体组织中均有表达,其中肾脏的表达量最高;胚胎发育的7个时期中,担轮幼体时期表达量最高;菌刺激36 h实验组与对照组的表达量差异大。LITAF基因是LITAF家族的一员,推测LITAF基因参与虾夷扇贝的先天性免疫反应。

英文摘要:

The lipopolysaccharide-induced TNF-alpha factor (LITAF) is an inflammatory cytokine, which plays an important role in innate immunity system. Based on the expressed sequence tag (EST) of Japanese scallop (Mizuhopecten yessoensis), the cDNA of LITAF gene was amplified using rapid amplification of cDNA ends (RACE) approach. Results showed that the full-length cDNA of LITAF is 1 551 bp consisting of a 5' untranslated region (UTR) of 76 bp, a 3' UTR of 1 001 bp, and an open reading frame (ORF) of 474 bp encoding a polypeptide of 157 amino acids, and there is a conserved LITAF domain in amino acid sequences. The estimated molecular mass is 16.99 kDa and the theoretical isoelectric point is 6.24. The total length of LITAF is 3 698 bp, which includes three exons and two introns. Real-time quantitative PCR was carried out to measure LITAF mRNA expression in adult tissues and monitor mRNA expression patterns during embryonic development after bacteria (Vibrio anguillarum) challenged. The expression level of LITAF mRNA was detected in all the adult tissues with the highest in the kidneys. The trochophore owns the highest expression level of LITAF in embryonic development. LITAF expression showed significant difference(P〈0.01)between the control and bacteria challenged specimens at 36 h. These results suggest that the LITAF should be a member of the LITAF family that perhaps involved in the innate immune response of Japanese scallop.

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  • 《遗传》
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  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
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  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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