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β发卡多肽Trpzip4折叠的副本交换分子动力学模拟
  • ISSN号：0567-7351
  • 期刊名称：《化学学报》
  • 时间：0
  • 分类：O241.1[理学—计算数学;理学—数学]
  • 作者机构：[1]华南理工大学化学与化工学院广东省绿色化学产品技术重点实验室,广州510640
  • 相关基金：教育部新世纪优秀人才支持计划（No.NCET-07-0313）; 国家自然科学基金（No.20876052）; 广东省自然科学基金（No.S2011010002078）资助~~
作者： 廖晨伊[1], 周健[1]
关键词： β发卡, 折叠, 副本交换分子动力学, 氢键, 疏水作用
中文摘要：

采用副本交换分子动力学对β发卡Trpzip4重折叠进行研究,结果表明,构象空间存在较大能垒时,副本交换分子动力学（REMD）表现出比分子动力学（MD）更优的抽样效率.288 K下,Trpzip4势能、骨架均方根偏差、溶剂可及表面积（SASA）在REMD中呈逐渐降低趋势.采样得到两种特定形态的低势能构象：β发卡和螺旋-卷曲.β发卡中,第3组氢键Asp46容易与Thr49形成氢键;转角Thr49的羟基（OH）倾向于与Asp46的羧基（COO-）或主链上的C=O形成氢键,强化了Asp46与Thr49的相互作用,导致转角形成折回弯度;与Thr49相比,Thr51的羟基倾向与水分子作用,甲基朝内,因此与Asp46的侧链作用微小.螺旋-卷曲中,吲哚环-甲基为主要疏水形式.Trpzip4在折叠成β发卡过程中,转角氢键影响整个β发卡构象的形成.转角氢键具有距离优势和强侧链相互作用,最先形成.

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期刊信息
  • 《化学学报》
  • 北大核心期刊（2014版）
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院上海有机化学研究所
  • 主编：周其林
  • 地址：上海市零陵路345号
  • 邮编：200032
  • 邮箱：hxxb@sioc.ac.cn
  • 电话：021-54925085
  • 国际标准刊号：ISSN：0567-7351
  • 国内统一刊号：ISSN：31-1320/O6
  • 邮发代号:4-209
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双高期刊”
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘（网络版）,荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引（扩展库）,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:28694