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红壤荒草地氨氧化细菌富集液16S rDNA文库的RFLP分析
  • ISSN号:0564-3929
  • 期刊名称:《土壤学报》
  • 时间:0
  • 分类:S154.34[农业科学—土壤学;农业科学—农业基础科学] Q938.1[生物学—微生物学]
  • 作者机构:[1]南京农业大学农业部农业环境微生物工程重点开放实验室,南京210095, [2]中国科学院南京土壤研究所,南京210008, [3]南京理工大学化工学院,南京210094
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(40371069)、中国科学院知识创新工程项目(KZCX3-SW-427)和中国博士后科学基金项目(2003033495)资助
中文摘要:

分析红壤荒草地富集液中氨氧化细菌的种群组成,选取氨氧化细菌16S rDNA特异性引物序列,利用PCR技术对从富集液中抽提的细菌总DNA进行扩增,并建立了氨氧化细菌特异性的16S rDNA文库。用酶HhaⅠ和RsaⅠ对该文库特异性片段进行了限制性酶切片断长度多态性分析(Restriction fragment lensth polymorphism,RFLP),随机挑选的35个特异性克隆片段被分成3个不同的RFLP类型,其中优势型占了所有分析克隆子的94%,另两个型各占3%。从每个RFLP类型中挑取一定的转化子进行测序,测序结果经GenBank检索,发现在该富集液体系文库中存在大量亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)细菌序列,由此推测红壤荒草地中存在氨氧化细菌,Nitrosomonas属细菌能在富集条件下成为优势菌。

英文摘要:

Chemolitho-autotrophic ammonia-oxidizing bacteria are responsible for the rate-limiting step of nitrification in a wide variety of environments, making them important in the global cycling of nitrogen. In order to analyze the ammonia-oxidizing bacteria population structure in red soil enrichment culture, a pair of AOB-specific primers was designed, and total microbial genomic DNA of enrichment culture was extracted by the direct method of PCR-amplification template. An AOB-specific 16S rDNA clone library was subsequently constructed. RFLP analysis of 16S rDNA was conducted using enzymes ( Hha Ⅰ and Rsa Ⅰ ) to digest 16S rDNA from the library. The randomly selected 35 cloned fragments were finally clustered into 3 different phylotypes, with the most abundant phylotype accounting for 94% of the selected 16S rDNA clones and the other two phylotypes for 3 %, respectively. Seven clones from 3 phenotypes were sequenced and the 16S rDNA sequences were compared with those from Gen- Bank. Based on the Blast analysis, a lot of Nitrosornonas-like sequences were found in this library. The result shows that there are ammonia-oxidizing bacteria in the red soil and Nitrosomortas sp. is a dominant bacterium in enrichment condition.

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期刊信息
  • 《土壤学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国土壤学会
  • 主编:史学正
  • 地址:南京市北京东路71号
  • 邮编:210008
  • 邮箱:actapedo@issas.ac.cn
  • 电话:025-86881237
  • 国际标准刊号:ISSN:0564-3929
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1119/P
  • 邮发代号:2-560
  • 获奖情况:
  • 2003年荣获“百种中国杰出学术期刊”称号,2002年荣获“第三届华东地区优秀期刊奖”,2002年荣获“第三届中国科协优秀期刊二等奖”
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:40223