创新网络科学治理是实现创新网络有效性的基础,源于嵌套网络这一特点决定了网络治理的多层次性,仅着眼于不同层次和侧面的研究导致了理论架构的模糊。从两个方面整合多层次创新网络治理机制,构建了基于创新网络治理结构、治理机制与知识收益"结构-机制-功能"的跨层次理论架构,明确了多层次创新网络的协同治理机制以及治理有效性的实现路径。通过改进传统的分散治理研究范式,阐述了以协同治理实现网络治理有效性的路径,既可为创新网络整体治理的顶层制度设计提供理论支持,也可为创新网络企业制定恰当的网络战略、建设自身网络能力提供依据。