区域创新系统的运行效率是创新系统结构优化与功能发挥程度的反映,本文将区域创新系统效率分为直接科技效率、宏观经济效率和社会效率,建立了三段式评价指标体系,建立了效率评价的DEA模型,研究了阶段效率的总效率合成方法,对区域创新系统运行效率进行了评价。