知识链组织的合作过程是一个组织之间知识流动的过程。知识流动受到知识特性、企业组织特性以及关系特性等多种因素的影响,从而使合作过程面临众多不确定性,导致合作双方对机会主义行为高度警惕而产生各种冲突。以信任为基础的冲突协调机制能增加知识流动中的透明度,使知识链组织增加合作中的专用性投资以及保持沟通的开放性,从而能弥补契约机制对知识链组织;中突协调的不足。知识链组织的信任度的提高需要建立共生创新系统,更需要建立核心企业的优秀的价值观以及知识链成员的精心维护,避免受到破坏。