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一种用带权SNP片断重建单体型的启发式算法
  • ISSN号:1000-1220
  • 期刊名称:小型微型计算机系统
  • 时间:0
  • 页码:1704-1708
  • 语言:中文
  • 分类:TP18[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]中南大学信息科学与工程学院,湖南长沙410083, [2]广西师范大学计算机科学与信息工程学院,广西桂林541004
  • 相关基金:国象自然科学基金项目(60433020)资助;新世纪优秀人才支持计划项目(NCET-05-0683)资助,长江学者和创新团队发展计划项耳(IRT0661)资助.
  • 相关项目:生物信息学中的相关组合理论和算法研究
中文摘要:

近年来,单体型检测问题已经得到了广泛的研究,成为计算生物学最热门的领域之一。本文对个体单体型重建问题进行研究,提出一种基于带权最少字符修改模型重建单体型的启发式算法HAW.HAW算法首先生成一对初始单体型,然后通过对初始单体型的不断扩充完成重建。实验结果表明HAW算法能有效求解模型,得到较以往算法更高的重建率,且算法运行速度较快,具有很高的实用价值。

英文摘要:

Haplotyping problem has been the subject of extensive research in recent years, and is one of the hottest areas of Computational Biology today. In this paper,we study the single individual SNP haplotype reconstruction problem. A heuristic algorithm is proposed for assembling a pair of haplotypes from a set of aligned weighted SNP fragments. The algorithm generates a pair of initial haplotypes firstly, and the final haplotypes are reconstructed by expanding the initial ones. Experimental results indicate that the designed algorithm is a good solution for WMLF (weighted minimum letter flips) model, and gets better performance than previous works. In addition, it's very feasible in practical applications for its highly efficiency.

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期刊信息
  • 《小型微型计算机系统》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院沈阳计算技术研究所
  • 主编:林浒
  • 地址:沈阳市浑南新区南屏东路16号
  • 邮编:110168
  • 邮箱:xwjxt@sict.ac.cn
  • 电话:024-24696120 024-24696190-8870
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1220
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1106/TP
  • 邮发代号:8-108
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国科学引文数据库来源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23212