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立枯丝核菌不同融合群菌株GPD基因的克隆及序列特征分析
  • ISSN号:1001-7216
  • 期刊名称:《中国水稻科学》
  • 时间:0
  • 分类:Q755[生物学—分子生物学] S435.111.46[农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]浙江省植物有害生物防控重点实验室-省部共建国家重点实验室培育基地/浙江省农业科学院植物保护与微生物研究所,杭州310021
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金资助项目(31071644);农业部转基因专项(2011ZX08009-003-001);浙江省公益性重大项目(2011C12901-1,2011C12901-2,2011C12022);浙江省农科院国际合作项目(2009).
中文摘要:

利用同源克隆的方法对11个立枯丝核菌标准融合群菌株的GPD基因进行了分离。分析发现不同融合群立枯丝核菌GPD基因在外显子数目、编码蛋白长度及内含子剪切方式等方面存在差异,如AG-2—2ⅢB、AG-2—2IV、AG-8三个融合群的GPD基因的外显子个数为10个,其他融合群均为11个;AG-8融合群的GPD基因的编码蛋白长度为267个氨基酸,其余融合群的GPD基因的编码蛋白长度约为340个氨基酸。Ap2—2ⅢB、AG-2—2Ⅳ、AG-8三个融合群的GPD基因在98、98、272氨基酸位点的内含子发生了缺失。基于蛋白序列的进化分析表明不同融合群之间GPD基因编码蛋白存在明显差异,可以有效地将不同融合群菌株区分开来;同时,不同物种之间GPD基因在进化上仍具有一定保守性,立枯丝核菌自身的GPD基因蛋白序列归为一类且与担子菌门同源性最高。这些结果表明进行保守基因序列差异分析是进行立枯丝核菌分类分群研究的新思路。

英文摘要:

Full length cDNA sequences of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GPD) gene from 11 anastomosis groups (AGs) of Rhizoctonia solani were isolated by PCR-based strategies. The open reading frames (ORFs) of the GPD genes(from ATG to TGA) showed some differences in exon numbers, splicing modes and lengths of coding sequences. GPD genes from AG-2-2Ⅲ B, AG-2-2 IV and AG-8 have 10 exons, while those from the other AGs have 11 exons; GPD gene from AG-8 encodes a protein of 267 amino acids, those from the other AGs encode proteins with about 340 amino acids. Meanwhile, intron deletions were found in the GPD genes from AG-2-2 Ⅲ B, AG-2-2 IV and AG-8 at amino acid 98, 98 and 272, respectively. Phylogenetic analysis show that the GPD genes can effectively distinguish the different AGs. Further, the GPD genes from different AOs can differentiate all the AGs of R. solani from other fungi, implying the GPD gene is a useful alternative to the 5.8S rDNA-ITS gene for determination of phylogenetic relationships among different AGs and between Rhizoctonia and other fungi.

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期刊信息
  • 《中国水稻科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:农业部
  • 主办单位:中国水稻研究所
  • 主编:程式华
  • 地址:杭州市体育场路359号中国水稻研究所内
  • 邮编:310006
  • 邮箱:cjrs@263.net
  • 电话:0571-63370278
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-7216
  • 国内统一刊号:ISSN:33-1146/S
  • 邮发代号:32-94
  • 获奖情况:
  • 首届全国科技期刊评比二等奖,第二届全国优秀科技期刊评比三等奖,农业部浙江省优秀期刊,国家期刊奖百种重点期刊,百种中国杰出学术期刊,中国精品科技期刊,中国国际影响力优秀学术期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:17826