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基于组合特征集成的蛋白质相互作用位点预测
  • ISSN号:1671-3559
  • 期刊名称:济南大学学报(自然科学版)
  • 时间:2012
  • 页码:6-10
  • 分类:TP181[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]济南大学信息科学与工程学院,山东济南250022
  • 相关基金:国家自然科学基金(61070130)
  • 相关项目:基于比较基因组学和计算智能的禾本科牧草功能基因的发掘和表达调控研究
作者: 崔娟|陈月辉|
中文摘要:

运用RBF神经网络预测蛋白质相互作用位点。首先提取序列谱、保守权重、熵值、复合物可及表面枳和序列变化率等一系列蛋白质相互作用位点的关键特征。然后应用RBF神经网络以及它们的集成来对这些样本集进行训练与测试。使用10次交叉验证进行训练与测试,创建了4组具有对比性的蛋白质相互作用特征组合。实验中每加入一种新的特征时正确预测率都会相应的提高,特别是加入可及表面积和序列变化率特征时正确率提高幅度更大,表明利用多特征组合,结合RBF神经网络算法进行预测蛋白质相互作用位点的方法是正确有效的。

英文摘要:

This paper used the RBF neural network to predict protein-protein interaction sites. First, a series of features that can represent protein interaction sites, including sequence profiles, entropy, conservation weight, complex accessible surface area, sequence variability and so on, were extracted. Then, RBF neural network and their integrated approaches were applied to train and test these sample sets. In experiments, ten times cross-validation were used to predict the four sets of data respectively. The accuracy of prediction is proved when one new feature is added. When polar ASA and sequence variability input, the final result was more effective. The results show the validation and correctness of the method of combining feature amalgamation with RBF neural network.

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期刊信息
  • 《济南大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:山东省教育厅
  • 主办单位:济南大学
  • 主编:杜斌
  • 地址:济南市南辛庄西路336号
  • 邮编:250022
  • 邮箱:sdjc@ujn.edu.cn
  • 电话:0531-82765454
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-3559
  • 国内统一刊号:ISSN:37-1378/N
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 2006、2010年获中国高校优秀科技期刊奖,2004、2009年获全国高校科技期刊优秀编辑出版质量奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4142