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两种密码子优化的Cas9编码基因在斑马鱼胚胎中基因敲除效率的比较
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:遗传
  • 时间:2016
  • 页码:-
  • 分类:Q786[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:中国科学院水生生物研究所,淡水生态与生物技术国家重点实验室,武汉430072
  • 相关基金:国家重大科学研究计划项目(编号:2012CB944504),中国科学院重点部署项目(编号:KSZD-EW-z-001)和国家自然科学基金项目(编号:31222052)资助
  • 相关项目:模式动物斑马鱼
中文摘要:

为在斑马鱼中获得特异且高效的基因敲除,多个实验室独立人工合成了序列彼此不一的Cas9cDNA序列,并克隆入不同的体外转录载体。本文选取两种斑马鱼密码子优化的Cas9编码序列(zcns9-6z和zCas9_wc),对斑马鱼胚胎中的7个基因(外源egfp及内源chd、hbeg)Ca、th、eeflalb、tyr、tcJTlla)分别进行敲除,通过PCR产物测序、克隆测序和表型分析比较了两种Cas9的敲除效率。结果发现,zCas9-wc在各种情况下都显现出较高的敲除效率,而zCas9_bz的效率相对较低。

英文摘要:

Recent years have witnessed the rapid development of the clustered regularly interspaced short palin- dromic repeats/CRISPR-associated protein(CRISPR/Cas9)system. In order to realize gene knockout with high effi- ciency and specificity in zebrafish, several labs have synthesized distinct Cas9 eDNA sequences which were cloned into different vectors. In this study, we chose two commonly used zebrafish-codon-optimized Cas9 coding sequences (zCas9_bz, zCas9wc) from two different labs, and utilized them to knockout seven genes in zebrafish embryos, in- eluding the exogenous egfp and six endogenous genes (chd, hbegfa, th, eeflalb, tyr and tcfTlla). We compared the knockout efficiencies resulting from the two zCas9 coding sequences, by direct sequencing of PCR products, colony sequencing and phenotypic analysis. The results showed that the knockout efficiency of zCas9_wc was higher than that of zCas9_bz in all conditions.

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期刊信息
  • 《遗传》
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  • 主办单位:中国遗传学会
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  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
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  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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