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A cooperative fast annealing coevolutionary algorithm for protein motif extraction
  • ISSN号:1000-0720
  • 期刊名称:《分析试验室》
  • 时间:0
  • 分类:Q518.1[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]School of Chemistry and Chemical Engineering, Sun Yat-Sen University, Guangzhou 510275, China
  • 相关基金:Supported by the National Natural Science Foundation of China (Grant Nos. 20475068 and 20575082), the Natural Science Foundation of Guangdong Province (Grant No. 031577), and the Scientific Technology Project of Guangdong Province (Grant No. 2005B30101003)
中文摘要:

由集成,合作社与快退火来临(革命算法(FAEA ) ,一个所谓的合作快退火 coevolutionary 算法(CFACA ) 为解决高度维的问题的目的在这篇论文被介绍。在在 CFACA 的搜索空间的分区以后,各更小的然后被分开的 FAEA 寻找。Thefitness 功能被联合每 FAEA 发现的亚答案评估。它证明 CFACA 在函数优化的域超过 FAEA,特别以集中率。当前的算法也被用于蛋白质主题抽取的一个真实优化问题。并且令人满意的结果与精确性被获得了完成 67.0% 的预言,它与在 PROSITE 数据库的结果一致。

英文摘要:

By integrating the cooperative approach with the fast annealing coevolutionary algorithm (FAEA), a so-called cooperative fast annealing coevolutionary algorithm (CFACA) is presented in this paper for the purpose of solving high-dimensional problems. After the partition of the search space in CFACA, each smaller one is then searched by a separate FAEA. The fitness function is evaluated by combining sub-solutions found by each of the FAEAs. It demonstrates that the CFACA outperforms the FAEA in the domain of function optimization, especially in terms of convergence rate. The current algorithm is also applied to a real optimization problem of protein motif extraction. And a satisfactory result has been obtained with the accuracy of prediction achieving 67.0%, which is in agreement with the result in the PROSITE database.

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期刊信息
  • 《分析试验室》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:北京有色金属研究总院 中国有色金属协会
  • 主编:屠海令
  • 地址:北京新街口外大街2号
  • 邮编:100088
  • 邮箱:analysislab@263.net
  • 电话:010-82013328
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-0720
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2017/TF
  • 邮发代号:82-431
  • 获奖情况:
  • 综合性分析化学刊物,中文核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:25540