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使用线性微分方程构建初步的乳腺癌转移相关基因网络模型
  • ISSN号:1001-9626
  • 期刊名称:《生物数学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O212.2[理学—概率论与数理统计;理学—数学]
  • 作者机构:[1]中国科学院上海生命科学院马普伙伴计算生物学研究所,上海200031, [2]浙江嘉兴学院数学与信息学院,浙江嘉兴314000, [3]南开大学数学科学学院,天津300071, [4]天津医科大学基础医学院,天津300060
  • 相关基金:国家自然科学基金(10271061,90208022);中国博士后基金;天南大联合研究项目、刘徽应用数学研究中心资助项目
中文摘要:

随着基因芯片的技术的推广,越来越多的表达数据需要被处理和分析.利用这些表达数据提取基因调控矩阵从而构建基因网络是一个重要的问题.通过线性微分方程模型可以初步构建基因网络,了解网络结构,提取最显著的信息.然而由于分子生物学的条件限制或者数据来源的限制,导致实验数据不充分,使方程组无解.本文使用三次样条方法,对26例临床、病理资料完备的具有淋巴结转移的乳腺癌基因表达数据进行插值处理,使表达数据满秩,从而使用最小二乘法解出加权矩阵,构建初步的表达基因调控网络. 通过对构建的基因网络的初步分析表明:乳腺癌转移的形成是由多基因异常引起多条传导通路异常,致使细胞恶性转化的结果,这与生物学上公认的看法是相一致的.因此,利用此线性模型方法对基因表达谱进行分析具有一定可行性,在认识乳腺癌转移机制,乳腺癌诊断和治疗方面具有一定的理论和应用价值.

英文摘要:

In this paper, a linear differential model is employed to construct rough genetic network of mammary carcinoma gene related to rnetastaisis. Cubic spline interpolation is used to interpolate the regress data into experiment gene expression data. Hence the linear model can be estimated by Lest Squares Method. With the analysis of the genetic network constructed by the linear model, we found potential transmition pathways caused by multiple gene variance.

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期刊信息
  • 《生物数学学报》
  • 北大核心期刊(2008版)
  • 主管单位:中国数学会
  • 主办单位:中国数学会生物数学学会
  • 主编:陈兰荪
  • 地址:辽宁省鞍山师范学院158号
  • 邮编:114007
  • 邮箱:smbjbm@tom.com
  • 电话:0412-2960893
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-9626
  • 国内统一刊号:ISSN:34-1071/O1
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国数学评论(网络版),德国数学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版)
  • 被引量:5686