位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
基因组断点median问题的算法研究
  • ISSN号:1002-8331
  • 期刊名称:计算机工程与应用
  • 时间:0
  • 页码:4524-4526
  • 分类:TP301.6[自动化与计算机技术—计算机系统结构;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] Q332[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]山东财政学院统计与数理学院,山东济南250014
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金项目(10901093).
  • 相关项目:线性积分方程的Galerkin快速谱方法
作者: 王继强|
中文摘要:

为有效解决生物信息学中的基因组断点median问题,针对4个以上环形基因组的一般情形,建立了该问题的图模型。鉴于基因组断点median问题自身的NP-困难性,从问题转化的角度,将其等价地化为图上的旅行商问题(TSP),找出二者之间最优解的关系,进而给出了其P-近似算法,其中p为用于求解TSP问题的近似算法的近似比。对算法的复杂度和近似比进行了分析,基于LINGO软件的算例表明了该算法的可行性和有效性。

英文摘要:

To solve the genome breakpoint median problem in bioinformatics efficiently,a graph model is constructed for the general case where more than 4 circular genomes are involved.In view of the-hardness of the genome breakpoint median problem,it is equivalently transformed into the traveling salesman problem(TSP) in the graph from the angle of problem transformation,then the relationship between their optimal solutions is found and a-approximation algorithm is proposed,where is the approximation ratio of some approximation algorithm for the TSP.After analyzing the complexity and approximation ratio of this algorithm,an instance based on LINGO software demonstrates its feasibility and efficiency.

同期刊论文项目
期刊论文 10 会议论文 3
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《计算机工程与应用》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国电子科技集团公司
  • 主办单位:华北计算技术研究所
  • 主编:怀进鹏
  • 地址:北京市海淀区北四环中路211号北京619信箱26分箱
  • 邮编:100083
  • 邮箱:ceaj@vip.163.com
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1002-8331
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2127/TP
  • 邮发代号:82-605
  • 获奖情况:
  • 1. 2012年首批获得中国学术文献评价中心发布的 “...,2. 2001年获得新闻出版署“中国期刊方阵双效期刊”,3. 2008年首批入选国家科技部“中国精品科技期刊...,4.2003年-2011年连续获得工业和信息化部期刊最高...
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:97887