本文利用叶绿体DNA trnL-F区序列,并结合现有的形态和染色体核型资料,分析了石蒜属15个种及2个人工杂种的种间关系,结果表明:在系统发育树上,石蒜属构成一个单系类群,供试材料组成两个主要分支,系统树上亲缘关系近的类群聚在一起构成次级分支,较好揭示了各种的种间关系。trnL-F序列揭示的石蒜属种间关系与染色体分类的结果部分一致,主要表现在具有近端部着丝粒染色体的种与具有中部和端部着丝粒染色体的种各成一支,这与形态和染色体分类结果一致;不同之处在于具有中部、端部和近端部着丝粒染色体的种分散在其它两支内,这证明了具有三种类型染色体组的石蒜是杂交起源的假设。结合2个人工杂种分析,发现短蕊石蒜的近端部着丝粒染色体来源于换锦花;麦秆石蒜近端部着丝粒染色体来源于矮小石蒜。