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藜科6种耐盐植物遗传多样性的EST-SSR分析
  • ISSN号:1672-1810
  • 期刊名称:植物遗传资源学报
  • 时间:0
  • 页码:113-120
  • 分类:Q943[生物学—植物学]
  • 作者机构:[1]南京农业大学农学院,南京210095, [2]江苏省农业科学院农业生物技术研究所,南京210014
  • 相关基金:国家自然科学基金(30971798); 江苏省农业科技自主创新基金(cx(10)433)
  • 相关项目:MYB家族转录因子对大豆异黄酮合成关键基因的协同调控
中文摘要:

利用EST-SSR标记分析了藜科6种耐盐植物的遗传基础和遗传多样性,以期为藜科耐盐植物遗传育种提供快速、可靠的分子标记辅助选择工具。采用31对藜科海蓬子属和碱蓬属的EST-SSR引物对藜科6种植物进行PCR扩增,其中16对引物得到较好扩增,引物通用率为51.6%,共检测到18个多态性位点,每位点等位基因数2~4个,多态性丰富。进一步采用Nei’s遗传距离聚类分析表明6种植物可以分为3组,主成分分析也支持上述分组,而且DY529957、DY529903和DY5298853个EST在分组中贡献率最高。经与GenBank中序列相似性比对,前两者分别编码生长素抑制蛋白(Auxin-repressed protein,ARP)和植物防御素(Defensins,Def),都参与植物逆境胁迫响应,但分属于不同代谢途径;后者则编码未知蛋白。总体而言,16对SSR引物在藜科6种植物间具有较好的通用性,能够揭示该6种植物间广泛的遗传多样性,及其存在不同耐盐机制提供分子证据。

英文摘要:

This report focus on EST-SSR based evaluation of genetic diversity in salt tolerant plant from six species in Chenopodiaceae.Thirty-one pairs of EST-SSR primers were designed according to ESTs sequence collected from Salicornia and Suaeda genera.Only sixteen out of all primer pairs successfully amplified the DNA fragments by using PCR procedure across all samples,which demonstrated 51.6% over all primers was transferrable.Total 18 polymorphic loci were detected by the 16 primer pairs,and allele number at each locus ranged from 2 to 4,indicating a wide range of genetic diversity.Clusterring analysis based on Nei's genetic distance showed that the six plants could be grouped into three clades,and the division was confirmed by principal component analysis.Moreover,this grouping profile was mainly attributed to polymorphism of three ESTs,e.g.DY529957,DY529903 and DY529885.According to the sequence similarity,the three ESTs were assumed to encode an auxin-repressed protein(ARP),defensins(Def)and hypothetical proteins,respectively.Both ARP and Def were well documented to be involved in salt stress responds but form different pathways in plants.This result implies that different mechanism might be evolved among the genera.

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期刊信息
  • 《植物遗传资源学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院作物科学研究所 中国农学会
  • 主编:刘旭
  • 地址:北京中关村南大街12号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:zwyczyxb2003@163.com/sina.com/caas.cn
  • 电话:010-82105794 82105795
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-1810
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4996/S
  • 邮发代号:82-643
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:10278