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梨属叶绿体非编码区trnL-trnF和accD-psaI特征及其在系统发育研究中的应用价值
  • ISSN号:0513-353X
  • 期刊名称:《园艺学报》
  • 时间:0
  • 分类:S661.2[农业科学—果树学;农业科学—园艺学]
  • 作者机构:[1]浙江大学园艺系,农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室,杭州310058
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(30871690)
中文摘要:

对梨属19个种共26个供试样本及两个苹果属外类群样本的叶绿体非编码区trnL-trnF和accD-psaI进行了序列分析。排列后的序列长度分别为927 bp和944 bp。两个区域组合后共有36个核苷酸替换(substitution)和11个插入/缺失(indel)。将所有indel处理为一次变异事件并编码为替换,用于简约法系统树和NeighborNet系统发育网络(phylogenetic networks)的构建。研究结果表明:indel为系统发育分析提供了可靠的信息;相比trnL-trnF,accD-psaI因进化速率较快,更适合应用于种及种以下分类水平的梨属植物系统关系研究;NeighborNet系统发育网络表明系统树上部分较低的分支支持率由冲突的信息引起,其余则由信息位点不足引起。此外结果还揭示了可疑种间杂交种的母系祖先。

英文摘要:

The two non-coding chloroplast regions,trnL-trnF and accD-psaI of 26 accessions from 19 Pyrus L.species and two outgroup accessions from Malus Mill.were sequenced.Aligned lengths of these two regions were 927 bp and 944 bp,respectively.A total of 36 substitutions and 11 indels were obtained in the combined data.All of the indels were treated as single mutation events and coded as substitutions manually when conducting maximum parsimony and Neighbor Ne(t NN)analyses.Our results showed that the indels in these two cpDNA regions were reliable phylogenetic characters and increased phylogenetic resolution;Compared with trnL-trnF,accD-psaI evolves quicker,providing more information for the discovery of inter-and intra-specific relationships in Pyrus.The NN split network indicated that the poor resolution in the phylogenetic tree was partly caused by conflicting signals or by lack of sufficient informative site.In addition,maternal lineages of putative inter-specific hybrids were revealed.

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期刊信息
  • 《园艺学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国园艺学会
  • 主编:杜永臣
  • 地址:北京市中关村南大街12号
  • 邮编:100081
  • 邮箱:ivfyyxb@mail.caas.net.cn
  • 电话:010-68919523
  • 国际标准刊号:ISSN:0513-353X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1924/S
  • 邮发代号:82-471
  • 获奖情况:
  • 第一届全国优秀期刊奖,中国科协第三届优秀期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:43371