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挖掘微阵列数据集中的最大局部保守基因聚类
  • ISSN号：1000-1239
  • 期刊名称：《计算机研究与发展》
  • 时间：0
  • 分类：TP311.13[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构：[1]东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004 东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004 东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004 东北大学信息科学与工程学院,沈阳,110004
  • 相关基金：国家自然科学基金项目(60573089,60273079,60473074)
作者： 赵宇海[1], 印莹[1], 王国仁[1], 许光宇[1]
关键词： 微阵列数据, 显型, bicluster, 聚类
中文摘要：

提出了一种新的基因聚类模型LC-cluster(局部保守基因聚类).其思想来源于当前的bicluster模型和emerging模式,但有着本质的不同.一个基因的表达水平被称为局部保守,如果它只在所有给定条件中的一部分(而非全部)上保持相似的"丰度".一个LC-cluster中的样本可能对应着某种显型,其中的基因是与这种显型密切相关的候选基因.设计了两种有效的基于树的聚类算法FALCONER和E-FALCONER,来挖掘提出的LC-cluster.从多方面分析了该算法的性能,并将其用于真实表达数据集及人造数据集聚类.理论分析和实验结果表明:①算法能有效且高效地发现大量具有生物意义的局部保守基因聚类;②算法性能优于同类的基于穷举树的聚类算法.

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期刊信息
  • 《计算机研究与发展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院计算技术研究所
  • 主编：徐志伟
  • 地址：北京市科学院南路6号中科院计算所
  • 邮编：100190
  • 邮箱：crad@ict.ac.cn
  • 电话：010-62620696 62600350
  • 国际标准刊号：ISSN：1000-1239
  • 国内统一刊号：ISSN：11-1777/TP
  • 邮发代号:2-654
  • 获奖情况:
  • 2001-2007百种中国杰出学术期刊，2008中国精品科...,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:40349