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果蝇基因组功能区域组蛋白修饰的协同模式
  • ISSN号:1000-1638
  • 期刊名称:内蒙古大学学报(自然科学版)
  • 时间:2015.11.15
  • 页码:619-629
  • 分类:Q61[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]内蒙古大学物理科学与技术学院物理系,呼和浩特010021
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(61462068,31106188);内蒙古自治区自然科学基金资助项目(2014MS0103)
  • 相关项目:抗冻蛋白在冰晶表面吸附结合的机制及其对冰晶生长行为影响的研究
中文摘要:

基于“组蛋白密码”假设,以黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)为研究对象,应用CoSBI(coherent and shifted bicluster identification)算法对黑腹果蝇Oregon-R细胞株培养14-16h的胚胎细胞,在全基因组范围、RNA聚合酶Ⅱ结合区域、绝缘子结合蛋白的结合区域的22种组蛋白修饰的分布情况进行CoSBI聚类分析,发现了果蝇基因组的功能区域所具有的一些“核心组蛋白修饰”,说明果蝇基因组的组蛋白修饰具有成簇出现、相互协同的调控模式.另外,将黑腹果蝇处于14-16h胚胎细胞的基因分为表达与不表达两类,分析了两类基因所在区域组蛋白修饰的组合模式.

英文摘要:

Based on histone code hypothesis, a scalable subspace clustering algorithm, coherent and shifted bicluster identification (CoSBI) is applied to analyze the distribution features of histone modifications in order to study its regulational function in the biological processes. Genome-wide maps of 22 histone modifications have been generated using ChIP-seq of 14-16h embryos for Ore- gon-R strain of Drosophila rnelanogasters. Considering the distribution of 22 histone modifications on the whole genome, genomic regions binding by RNA polymerase Ⅱ and seven distinct insulators binding proteins, a significant correlation feature is analyzed between histone modifications and some core combinatorial patterns are found out. Furthermore, the algorithm is applied on two groups with different activities (expressed genes and non-expressed genes) respectively and combinational pat- terns of histone modifications associated with gene expression level are analyzed.

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期刊信息
  • 《内蒙古大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:内蒙古自治区教育厅
  • 主办单位:内蒙古大学
  • 主编:李光鹏
  • 地址:呼和浩特市赛罕区大学西路235号
  • 邮编:010021
  • 邮箱:
  • 电话:
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1638
  • 国内统一刊号:ISSN:15-1052/N
  • 邮发代号:16-67
  • 获奖情况:
  • 综合性科技类核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:6683