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金纹细蛾几丁质酶基因生物信息学分析
  • ISSN号:1674-568X
  • 期刊名称:基因组学与应用生物学
  • 时间:2013
  • 页码:91-96
  • 分类:Q811.4[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]太原理工大学化学化工学院生物与制药工程系,太原030024
  • 相关基金:本研究由国家自然科学基金项目(31101490)、山西省青年科技研究基金(2010021031-2)和太原市大学生创新创业计划项目(10074)共同资助
  • 相关项目:Ⅰ型和Ⅱ型几丁质酶在舞毒蛾发育过程中的功能及其杀虫效应研究
中文摘要:

本文从生物信息学角度对克隆获得的金纹细蛾几丁质酶进行分析,通过课题组提交到GenBank的数据,采用在线分析及相应软件分析预测金纹细蛾几丁质酶(LrCHI)基因核苷酸和氨基酸序列的组成、理化性质、信号肽、糖基化位点、磷酸化位点、疏水性、二级结构和三级结构等,并构建系统发育树。结果表明:LrCHI开放阅读框由1737bp组成,推导578个氨基酸;此序列所编码的蛋白属于几丁质酶18家族,其N端含有信号肽和几丁质酶18家族活性位点,C端为几丁质结合区,无跨膜结构域区域;预测LrCHI为亲水性蛋白;金纹细蛾与鳞翅目的棉铃虫、甜菜夜蛾进化关系最近。分析结果可为LrCHI的科学研究提供有价值的信息,为进一步研究其高级结构与功能的关系提供理论依据。

英文摘要:

In this paper we analyzed Lithocolletis ringoniella chitinase from the perspective of bioinformatics. Based on the data that had been submitted to GenBank by our group, Nucleotide sequence and deduced amino acid sequence ofLithocolletis ringoniella chitinase were analyzed and predicted by the tools ofbioinformatics which are available online or corresponding software in the following aspects: the composition, physical and chemical properties, signalpeptide, O-glycosylation site, phosphorylation site, hydrophobic character, secondary structure, tertiary structure, etc. We also built phylogenetic trees. The results showed that the open reading frame (OR10 of LrCHI consists of 1 737 bp which deduces 578 amino acid sequences. The protein encoded by this sequence belongs to chitinase family 18. There are a signal peptide and a chitinase family 18 active site in the N-terminal region of the polypeptide chain. There is a chitin-binding site in the C-terminal region. No possible transmembrane domain region. LrCHI might be a hydrophilic protein. Lithocolletis ringoniella, phylogenetic relationship is the nearest to Helicoverpa armigera and Spodoptera exigua than other insects. The result of this study may provided very valuable information for experimental research and application development and theoretical basis for further study of the relationships between high-level structure and function.

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期刊信息
  • 《基因组学与应用生物学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西大学
  • 主办单位:广西大学
  • 主编:朱玉贤
  • 地址:广西南宁市大学东路100号广西大学西校园《基因组学与应用生物学》编辑部111室
  • 邮编:530004
  • 邮箱:gab@hibio.org 571388455@qq.com
  • 电话:0771-3239102
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-568X
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1369/Q
  • 邮发代号:48-213
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高校学校自然科学学报,教育部优秀科技期刊,广西优秀科技期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4299