创新效率是影响高新技术产业技术创新能力的关键问题,本文将三阶段DEA模型与Bootstrap方法相结合,在控制环境因素影响的基础上测算了中国省际高新技术产业的技术创新效率,同时计算了效率的置信区间。研究表明,目前中国高新技术产业技术创新效率还比较低,且各省市之间差异较大。所有制结构、政府支持、企业规模和市场结构等环境因素,对于中国不同地区高新技术创新效率影响显著。纠偏后技术创新效率整体有所下降,但"东高西低"格局并未改变。