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6-烷基鸟嘌呤与DNA碱基间氢键作用的理论研究
  • ISSN号:0567-7351
  • 期刊名称:《化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O614.121[理学—无机化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]曲靖师范学院化学与化工学院,曲靖655000
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.20763007); 云南省教育厅重点(No.07z11574)资助项目 致谢本文的计算工作得到北京师范大学方德彩教授的支持,在此表示感谢!
中文摘要:

用密度泛函B3LYP方法在6-311+G**基组水平上对鸟嘌呤及顺(cis-)、反式(anti-)-6-烷基鸟嘌呤(O6-AlkylG)与DNA碱基(胸腺嘧啶T、胞嘧啶C、腺嘌呤A、鸟嘌呤G)的氢键二聚体结构进行了优化.在MP2/cc-pVXZ(X=D,T)//B3LYP/6-311+G**水平上,采用完全基组外推方法校正了氢键二聚体的相互作用能,并用完全均衡校正法(CP)校正了基组重叠误差(BSSE).在B3LYP/6-311+G**水平上计算了各氢键碱基对的全电子波函数,并用分子中的原子理论(AIM)分析了碱基间的弱相互作用.计算结果显示,鸟嘌呤6-O烷基化改变了碱基间的氢键作用模式,使碱基对发生了明显的螺旋桨式扭转和不同程度的位移,碱基间的电子密度分布和氢键作用能明显减小.O6-AlkylG对DNA碱基间的氢键作用是去稳定化的,去稳定化影响的顺序为GC〉GG〉GA≈GT.计算结果与文献给出的实验结论基本一致.

英文摘要:

The geometries of hydrogen-bond dimers between DNA bases (adenine, thymine, guanine and cytosine) and guanine, cis-O6-alkylguanine and trans-O6-alkylguanine have been optimized at the B3LYP/6-311+G** level. The complete basis-set extrapolation method was employed at the MP2/ cc-pVXZ(X=D,T)//B3LYP/6-311+G** levels in order to obtain more accurate interaction energies. Coun- terpoise correction (CP) scheme was also used to take into account of basis set superposition error (BSSE). The all-electron wave functions of these dimers were calculated at the B3LYP/6-311+G** level and the weak interactions were analyzed by atoms in molecules (AIM) method. The calculation results show that the alkylation of O6-guanine can lead to changes of hydrogen-bond interactions between DNA base-pairs, which results in propeller torsions and various displacements between two bases. Furthermore, the obvious decreases in interaction energies and electron densities of base-pair can also be attributed to the alkylation of guanine. Evidently, the alkylation of O6-guanine destabilizes the hydrogen-bond interactions of DNA base-pairs, and the destabilization effect decreases in the order of GCGGGA≈GT. Our calculation results are basically in agreement with the experiments.

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期刊信息
  • 《化学学报》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院上海有机化学研究所
  • 主编:周其林
  • 地址:上海市零陵路345号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:hxxb@sioc.ac.cn
  • 电话:021-54925085
  • 国际标准刊号:ISSN:0567-7351
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1320/O6
  • 邮发代号:4-209
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双高期刊”
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:28694