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cDNA芯片检测STAT5诱骗核苷酸对K562细胞凋亡相关基因的影响
  • ISSN号:1000-7431
  • 期刊名称:《肿瘤》
  • 时间:0
  • 分类:R577.1[医药卫生—消化系统;医药卫生—临床医学;医药卫生—内科学] R733.72[医药卫生—肿瘤;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]重庆医科大学临床血液学教研室,重庆400016, [2]重庆医科大学临床生物化学教研室,重庆400016, [3]重庆医科大学临床学院血液科,重庆400016
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(编号:30270574)致谢:感谢检验系临床生化教研室张彦博士、李兴博士在实验中给予的帮助!“本课题在重庆市临床检验诊断学重点实验室完成!
中文摘要:

目的:转录因子STAT5在慢性粒细胞白血病(chronic myeloid leukemia,CML)中组成性激活,并与CML细胞恶性表型密切相关,本研究用cDNA芯片检测方法探讨诱骗核苷酸(decoy ODNs)抑制STAT5对白血病K562细胞株凋亡相关基因的影响。方法:分别提取decoy ODNs处理前后的K562细胞总RNA,逆转录合成Cy3、Cy5标记的cDNA探针,与人14K基因表达谱cDNA芯片(V2.0)杂交,扫描获得数据后,用Genespring软件分析对照组和实验组的差异表达基因,半定量RTPCR验证cDNA芯片结果。结果:2张cDNA芯片检测重复性良好(R=0.9799)。在13824个标记的基因中,检出413个上调基因,其中包括:TIAF1、GAB1、GYPA、DAPK3、TNFRSF1B、IRF1和PML等在内的18个凋亡相关基因;在检出的332个下调基因中,发现PIM1、CCND2、cCND1、MYC和BCL2L1等在内的11个凋亡相关基因;部分基因经半定量RTPCR证实与cDNA芯片结果一致。结论:Decoy ODNs抑制STAT5信号通路后可引起K562细胞多种凋亡相关基因的变化,本实验为进一步研究STAT5信号通路所调控的凋亡相关基因提供了依据。

英文摘要:

Objective:Constitutive activation of signal tranducers and activators of transcription 5 (STATS) has close relationship with the malignant behavior of chronic myeloid leukemia (CML) cells. The present study aimed to map the expression profile of apoptosis-related genes after inhibition of STATS by decoy oligodeoxynucleotides (ODNs) in leukemia K562 cells by using eDNA microarray technique. Methods:Total RNA was extracted from K562 cells before and after decoy ODNs treatment. Two eDNA probes, labeled with Cy3 or Cy5 fluorescent dye, were synthesized via reverse transcription and hybridized with human 14K cDNA microarry. Differential gene expression profiles of decoy ODNs group and control group were analyzed by Genespring software. Semiquantitative RT-PCR was used to confirm the result of selected genes from microarray analysis. Results: The eDNA microarray data of the two chips showed good repeatability(R=0.9799). Out of the labeled 13,824 genes, 413 genes were up-regulated including 18 apoptosis related genes such as TIAF1, GAB1, GYPA, DAPK3, TNFRSF113, IRF1, and PML, etc. From 332 down regulated genes,ll genes (PIM1,CCND2,CCND1,MYC, BCL2L1,etc) were related with apoptosis. The microarray results of some selected genes were verified by semiquantitative RT PCR. Conclusion:Inhibition of STATS signal pathway by decoy ODNs causes changes of many apoptosis-related genes in K562 cells. These results provide evidence for further analyzing apoptosis-related genes regulated by STATS.

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期刊信息
  • 《肿瘤》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:教育部
  • 主办单位:上海市肿瘤研究所
  • 主编:高玉堂
  • 地址:上海斜土路2200弄25号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:tumorsci@yahoo.com.cn
  • 电话:021-64436792
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-7431
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1372/R
  • 邮发代号:4-289
  • 获奖情况:
  • 中文核心期刊,中国科技论文统计源核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,荷兰医学文摘,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),瑞典开放获取期刊指南,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:19202