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基于字典的DNA序列压缩算法研究及应用
  • ISSN号:1001-3695
  • 期刊名称:《计算机应用研究》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]华南理工大学计算机科学与工程学院,广东广州 510641, [2]华南农业大学信息学院,广东广州510642
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30230350);广东省科技攻关资助项目(2005810101033)
中文摘要:

在现有DNA序列数据压缩算法的基础上,以DNA序列数据的存储效率及生物学解释综合考虑,设计并实现了基于字典的DNA序列压缩算法DNADCompress。算法核心包括重复子串字典建立、字典项筛选、字串压缩编码三方面。实验数据表明,数据压缩算法压缩效果达到常用DNA序列压缩算法水平,并为序列生物学解释提供了基础。

英文摘要:

With the existing DNA compression algorithms based on dictionary, a new algorithm called DNADCompress based on dictionary was proposed and it achieved a balance between the store space and biology knowledge. The core of this algorithm includes the building dictionary of repeat strings, the selecting of dictionary items and the encoding of compression strings. The advantages of this algorithm were demonstrated by its good compression ratio and its explanation to the DNA sequences in bioinformatics.

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期刊信息
  • 《计算机应用研究》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:四川省科学技术厅
  • 主办单位:四川省计算机研究院
  • 主编:刘营
  • 地址:成都市成科西路3号
  • 邮编:610041
  • 邮箱:arocmag@163.com
  • 电话:028-85210177 85249567
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-3695
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1196/TP
  • 邮发代号:62-68
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点科技期刊,国内计算技术类重点核心期刊,国内外著名数据库收录期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:60049