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玉米全基因组谷胱苷肽-S-转移酶基因家族的分析
  • ISSN号:1672-352X
  • 期刊名称:《安徽农业大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:S513[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]安徽农业大学生命科学学院、安徽省作物生物学重点实验室,合肥230036
  • 相关基金:国家自然科学基金(31201217); 安徽省自然科学青年基金(1508085QC64)共同资助
中文摘要:

脱水素(dehydrin,DHN)属于LEA蛋白第二家族成员,是一种植物中广泛存在的亲水性蛋白,在干旱、低温和高盐等非生物胁迫的环境中起到重要作用。通过生物信息学方法对玉米全基因组DHN家族成员进行了鉴定,并进一步对其系统发育、基因结构、染色体定位和基因复制以及表达模式进行了系统分析。结果显示,在玉米DHN基因家族中共有5个家族成员,多物种系统发育进化树分析、基因结构以及基序分析都表明DHN家族成员在进化上具有高度的保守性。基因复制和物种间微共线性分析表明,在5个玉米DHN基因中存在着1对片段复制基因(ZmDHN1-ZmDHN2),玉米、高粱和水稻3个物种间存在2对直系同源基因(ZmDHN2-Sb04g032250.1,ZmDHN2-Os02g44870.1)。通过转录组表达数据分析表明,玉米DHN家族基因在不同发育时期具有不同的组织表达模式;同时,诱导表达模式分析表明ZmDHN基因的表达受到盐和干旱胁迫的显著诱导。该研究结果将为进一步鉴定玉米DHN家族重要的基因成员并对其开展功能分析奠定基础。

英文摘要:

Dehydrins(DHN) is a hydrophilic protein widely distributed in plants. DHNs belong to class II in LEA protein family and have important roles in response to abiotic stresses, such as cold, drought and salt, etc. In this study, we performed a bioinformatics analysis to identify the members of the DHN family in maize. Subsequently, we carried out a systematic analysis of these genes, including phylogenetic relationship, gene structure, chromosome location, gene duplication and expression patterns. The results showed that a total of 5 DHN members were identified in maize, and the phylogenetic relationship, gene structure and motif analysis indicated that genes in the DHN family are highly conserved. Gene duplication and interspecies microsynteny analysis demonstrated that one segmental duplication pair(ZmDHN1-ZmDHN2) existed in maize DHN family, while two orthologous gene pairs(ZmDHN2-Sb04g032250.1and ZmDHN2-Os02g44870.1) were detected among maize, rice and sorghum. Analysis of transcriptional data indicated that the DHN genes had different expression patterns at different developmental stages. In addition, the expression of five ZmDHN genes was significantly induced under salt and drought stresses. This study provides a basis for the selection of important DHN genes for further functional analysis in maize.

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期刊信息
  • 《安徽农业大学学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:安徽省教育厅
  • 主办单位:安徽农业大学
  • 主编:程备久
  • 地址:合肥市长江西路130号
  • 邮编:230036
  • 邮箱:ahnydxxb@mail.hf.ah.cn
  • 电话:0551-65786465
  • 国际标准刊号:ISSN:1672-352X
  • 国内统一刊号:ISSN:34-1162/S
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 安徽省优秀科技期刊一等奖,全国优秀科技期刊三等奖,华东地区优秀期刊奖,全国优秀高校自然科学学报及教育部优秀科技期刊二等奖,安徽省优秀高校自然科学学报一等奖,全国高校优秀科技期刊一等奖,安徽省高等学校优秀学报一等奖,全国高校优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:13625