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可乐猪乳头数性状全基因组关联分析
  • ISSN号:1671-7236
  • 期刊名称:《中国畜牧兽医》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]贵州大学生命科学学院,贵阳550025, [2]贵州大学农业生物工程研究院,贵阳550025, [3]贵州大学动物科学学院,贵阳550025, [4]铜仁学院,铜仁554300
  • 相关基金:国家高技术研究发展计划(863计划)课题(2013AA102503); 贵州大学创新基金(2015009);贵州大学“本科教学工程”项目(BKJX2012007); 贵州省农业攻关项目(黔科合NY[2013]3073号); 贵州省科技创新人才团队建设专项(黔科合人才团队2009-4006)
中文摘要:

乳头数性状是猪最重要的繁殖性状之一,与养猪业的经济效益密切相关。本试验以Illunima Porcine SNP60K芯片对22头可乐猪进行基因分型,通过Plink 1.07软件,基于混合线性模型对左乳头数、右乳头数和总乳头数性状进行全基因组关联分析。经过严格的质量控制和多重检验之后,共鉴定出全基因组水平潜在关联的SNPs位点4个(P〈2.06E-5);染色体水平显著关联位点3个,潜在关联位点18个;在关联SNP位点可能连锁的上、下游1cM区间内检索到304个基因,其中Wnt及Fgf信号通路中的候选基因BTRC、FGF5、FGF8和BMP3、RASGEF1B、HMGB3可能影响猪的乳头数性状或繁殖性状。通过全基因组关联分析策略发掘出的关联SNP位点及潜在候选基因,将为可乐猪的选育保种奠定基础。

英文摘要:

Teats number is one of the most important reproductive traits,and closely related to the economic benefit in pig industry.In order to reveal the underlying genetics of left teats number,right teats number and total teats number traits,agenome-wide association study(GWAS)was performed.Samples of DNA were collected to genotyping for 22 Kele pigs using the Illumina Porcine SNP 60 KChip.The GWAS was performed using a mixed-effects model and linear regression approach.When a genome-wide threshold was determined using the Bonferroni method(P 〈2.06E-5),4single nucleotide polymorphism(SNP)markers were potentially associated with left teats number,right teats number and total teat number.However,3SNPs were significant associated and 18 SNPs were potentially associated in chromosomes level.304 Ensembl genes were retrieved around 1cM of the associated SNPs.The candidate genes in Wnt and Fgf signaling pathway(BTRC,FGF5,FGF8,BMP3,RASGEF1 Band HMGB3)might have effect on target traits.These results provided valuable information about the selective breeding for Kele pigs.

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期刊信息
  • 《中国畜牧兽医》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国农业部
  • 主办单位:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
  • 主编:李琍
  • 地址:中国农业科学院北京畜牧兽医研究所
  • 邮编:100193
  • 邮箱:zgxmsy@caas.cn
  • 电话:010-62816020 62811226 62810371
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-7236
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4843/S
  • 邮发代号:2-215
  • 获奖情况:
  • 1996年被农业部评为“95中国出版成就展”参展期刊...,1998年在首届全国畜牧兽医优秀科技期刊评比中总分...,2002年被中国期刊协会农业期刊分会和中国农学会评...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:22619