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玉米大斑病菌钙调磷酸酶B亚基基因的克隆与生物信息学分析
  • ISSN号:0001-6209
  • 期刊名称:《微生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]河北农业大学真菌毒素实验室,保定071001
  • 相关基金:国家自然科学基金(30471126)
中文摘要:

【目的】克隆玉米大斑病菌CnB基因,并进行初步的生物信息学分析。【方法】采用cDNA末端快速扩增(Rapid Amplification of cDNA Ends,RACE)技术,扩增玉米大斑病菌CnB基因全长cDNA序列和DNA序列。运用相关生物信息学软件对该基因序列进行分析和预测其编码蛋白的结构功能。【结果】CnB基因含4个外显子和3个内含子,最大开放阅读框为525bp(GenBank登录号EF 469732),编码174个氨基酸;预测蛋白含约59.77%的α螺旋,8.62%的β转角,6.32%的延伸串,25.29%的不规则卷曲;含有高度保守的4个“EF-hand”Ca^2+结合区域,属于Ca^2+结合蛋白家族成员,与小麦叶枯病菌(Phaeosphaeria nodorum)、灰葡萄孢(B.cinerea)、粗糙麦孢霉(Neurospora crassa)等病原真菌中CnB基因有90%以上的氨基酸同源性。【结论】首次在玉米大斑病菌中克隆得到CnB基因,为进一步研究该基因功能奠定基础。

英文摘要:

[Objective] To clone and identify CnB gene from Setosphaeria turcica and to perform the primary bioinformatic analysis. [Methods] Using RACE method, we isolated the completed cDNA sequence and DNA sequence of CnB gene from S. turcica. Corresponding structure and functions were predicted by the bioinformatic software. [Results] The results showed that CnB gene had 4 exons and 3 introns and the largest open reading frame was 525 bp which encoded a protein of 174 amino acid residues. The predicted secondary structure composition for the protein contained about 59.77% alpha helixes, 8.62% beta turn, 6.32% extended strand and 25.29% random coil. The CnB gene of S. turcica had 4 "EF-hand" calcium-binding regions, and showed 90% homology with CnB gene of P. nodorum, B. cinerea and Neurospora crassa. [Conclusion] The CnB gene was successfully cloned from S. turcica for the first time, providing a good foundation for further research on its function.

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期刊信息
  • 《微生物学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国微生物学会 中国科学院微生物研究所
  • 主编:谭华荣
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路3号中国科学院微生物研究所B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:actamicro@sun.im.ac.cn
  • 电话:010-64807516
  • 国际标准刊号:ISSN:0001-6209
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1995/Q
  • 邮发代号:2-504
  • 获奖情况:
  • 国家优秀期刊二等奖,中科院优秀期刊二等奖,中国科协首届优秀科技期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21879