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基于全基因组序列预测里氏木霉QM6a的分泌蛋白
  • ISSN号:1000-2421
  • 期刊名称:《华中农业大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:S436.341[农业科学—农业昆虫与害虫防治;农业科学—植物保护]
  • 作者机构:[1]西南林业大学林学院/云南省森林灾害预警与控制重点实验室,昆明650224, [2]云南省林业科学院/云南省森林植物培育与开发利用重点实验室/国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室,昆明650201
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31560211); 云南省森林灾害预警与控制重点实验室开放基金项目(ZK150004); 云南省教育厅科学研究基金项目(2014Y330); 云南省科技计划项目(2015IA005,2015IA004)
中文摘要:

里氏木霉(Trichoderma reesei)QM6a为重要的产纤维素酶工业生产菌株,为明确其内存在的分泌蛋白,对该菌分泌蛋白进行预测,并明确其特征。利用SignalP、ProtComp等5个软件对该菌中9 143条蛋白质序列进行分泌蛋白预测,并对上述分泌蛋白的氨基酸大小分布情况、信号肽长度及其切割位点等性质进行分析。里氏木霉中含有分泌蛋白356个,其氨基酸长度、信号肽长度与其他植物病原菌不同;信号肽切割位点属于A-X-A类型,与其他已经报道的植物病原真菌、细菌以及卵菌中分泌蛋白信号肽切割位点一致。通过上述生物信息学分析方法有效地实现了里氏木霉分泌蛋白的预测,也证明了分泌蛋白的信号肽切割位点具有物种保守性特点。

英文摘要:

Trichoderma reesei QM6 awas an important industrial production strains for cellulase production.To identify the secreted protein from T.reesei and clear its characteristic,9 143 protein sequences in T.reesei was analyzed to predict the secreted protein using 5programs including SignalP,ProtComp,TMHMM,big-PI Fungal predictor and TargetP.Meanwhile,the distribution of amino acids,the length of signal peptide as well as the signal peptide cleavage site of secreted protein were analyzed.A total of 356 secrete proteins were found in T.reesei,and the length of amino acids and the signal peptide were different from the plant pathogens.The signal peptide cleavage site belonged to AXA type,which was consistent with other plant pathogenic fungi,bacteria and oomycete.Through the above bioinformatics analysis,the prediction of secreted proteins can be effectively achieved in T.reesei,and the type of signal peptide cleavage site was consistent with other secreted proteins from different species.

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期刊信息
  • 《华中农业大学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:华中农业大学
  • 主编:张献龙
  • 地址:武汉洪山区狮子山街1号
  • 邮编:430070
  • 邮箱:hnlkxb@mail.hzau.edu.cn
  • 电话:027-87287364
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2421
  • 国内统一刊号:ISSN:42-1181/S
  • 邮发代号:38-120
  • 获奖情况:
  • 1997年,获第二届全国优秀科技期刊二等奖,1999年,获全国高校自然科学学报及教育部优秀期刊...,2001年,选入新闻出版署期刊方阵“双百”期刊,连续三次入选教育部中国高校精品科技期刊,2009年,获全车高校科技期刊优秀编辑质量奖,2010年,被评为湖北省十大有影响学术期刊(自然科...,2012年获“第四届中国高校优秀科技期刊奖”及“第...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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