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血红素近轴侧基氢键的ABEEM/MM分子动力学模拟
  • ISSN号:1000-6818
  • 期刊名称:物理化学学报
  • 时间:0
  • 页码:1332-1336
  • 语言:中文
  • 分类:O642[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]辽宁师范大学化学化工学院,辽宁大连116029, [2]锦州师范高等专科学校化学系,辽宁锦州121000
  • 相关基金:国家自然科学基金(20633050)资助项目厅
  • 相关项目:生物分子水溶液体系中非共价相互作用的理论研究-探讨其分子识别机理及质子和能量传递过程
中文摘要:

应用ABEEM/MM浮动电荷力场对鲸鱼肌红蛋白及突变体进行了分子动力学模拟.结果表明,血红素近轴侧基不存在稳定的双氢键,该氢键对轴配体咪唑的取向不起决定性作用,而咪唑的取向与键联的组氨酸有密切联系.同时表明,血红素轴配体的柔性与其邻近的氨基酸和咪唑体积有关.

英文摘要:

The structures of sperm whale myoglobin(Mb)and mutants were investigated in terms of the ABEEM/MM method.The molecular dynamic simulations showed that the bifurcated hydrogen-bondings in the proximal side of the heine in Mb were not stable.These simulations indicated that hydrogen-bondings could not determine the overall orientation of imidazole,which could be related to the histidine residue.The amide acids and the bulk of the imidazole can have effects on the flexibility of proximal ligands.

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期刊信息
  • 《物理化学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:北京大学化学与分子工程学院承办
  • 主编:刘忠范
  • 地址:北京大学化学楼
  • 邮编:100871
  • 邮箱:whxb@pku.edu.cn
  • 电话:010-62751724
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6818
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1892/O6
  • 邮发代号:82-163
  • 获奖情况:
  • 中文核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:24781