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高粱非编码区SSR引物设计以及e-PCR的验证
  • ISSN号:1001-4705
  • 期刊名称:种子
  • 时间:2010.9.9
  • 页码:1-6
  • 分类:S514[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]安徽科技学院,安徽凤阳233100, [2]安徽农业大学,合肥230036
  • 相关基金:国家自然科学基金(No:31071470);科技部农业科技成果转化资金项目(No:2008GB2C300125);安徽省“115”产业创新团队资助(No:皖人才办[2009]2号);国家科技支撑计划项目(No:2008BADB3B10);安徽省高校学科拔尖人才基金(No:教秘人[2005]79号);安徽科技学院稳定人才专项(No:ZRC2009236).
  • 相关项目:高粱褐色中脉基因bmr-6的图位克隆
中文摘要:

本研究通过在NCBI公共数据库的高梁全基因序列中进行简单重复序列SSR搜索,结果显示共有87950个SSR位点,共有1134种重复,其中二元碱基和三元碱基重复所占比例最大,分别占43.36%,32.38%。根据SSR搜索结果设计了高粱SSR引物,通过两次e—PCR验证和筛选引物,随机合成了50对引物。以先锋和乐食两个高丹草品种为材料进行引物的筛选和评价。结果表明,50对引物中有46对引物出带,但只有8对引物具有多态性。这说明在高梁非编码区设计的引物多态性并不高于EST—SSR引物,但对高梁的SSR引物的开发可以起到补充和促进作用。

英文摘要:

The complete genome sequence of sorghum which downloaded from the NCBI public databases was used for a simple sequence repeated SSR search. The result showed that there were 87 950 SSR loci and 1 134 kinds of repetition about the results in all. The proportion of dinucleotide and trinucleotide repeats was placed on the first place, accounting for 43.36% and 32.38% of the all. SSR primers of sorghum were designed ba- sing on the search results of SSR, according to use the e-PCR to validate and screen primers two times ,50 pairs of primers were arbitrarily selected and synthesized to evaluate these primers by sorghum-sudangrass hybrids such as Xian-Feng and Le-Shi. The results showed that there were 46 target bands among 50 pair primer, and the target bands were characterized clearly and steadily, of which only 8 pairs had polymorphism. It indicated that the polymorphism of sorghum designed primers in non-coding region was not higher than the EST-SSR primers, but it played a complementary and catalytic role on the development of SSR primers in sorghum.

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期刊论文 11 会议论文 1 获奖 3 专利 3
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期刊信息
  • 《种子》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:贵州省种子管理站
  • 主办单位:贵州省种子管理站 贵州省种子学会 中国种子协会
  • 主编:张太平
  • 地址:贵阳市观山湖区黔灵山路146号观山小区25栋11楼3号
  • 邮编:550081
  • 邮箱:zhzi@chinajournal.net.cn
  • 电话:0851-85289332
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-4705
  • 国内统一刊号:ISSN:52-1066/S
  • 邮发代号:66-22
  • 获奖情况:
  • 第二届国家期刊奖百种重点期刊,全国中文核心期刊,中国科技核心期刊,中国期刊方阵双效期刊,全国优秀科技期刊,第一届贵族省优秀期刊奖期刊.
  • 国内外数据库收录:
  • 英国农业与生物科学研究中心文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21188