合肥软X射线波段自由电子激光项目是基于直线加速器的软X射线光源.其注入器由光阴极微波电子枪与两个直线加速3米段构成.光阴极微波电子枪产生束团电荷量1nc、峰值流强100A、重复频率10Hz电子束流,并利用螺线管磁场在其出口处进行发射度补偿,在经过一段漂移距离后电子束流进入增强直线段加速.使在低能端由于空间电荷效应产生的横向发射度增长基本被完全补偿.本文中利用PARMELA对注入器进行了模拟计算,对发射度的补偿效果进行了优化,同时对注入器内各元件的布置也进行了优化.在注入器出口可以得到归一化横向发射度小于1.5mm·mrad的低发射度束流.