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基于16SrRNA和HSP60基因序列分析粘细菌孢囊杆菌亚目形态分类的种属之间的亲缘关系
  • ISSN号:0001-6209
  • 期刊名称:《微生物学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q939[生物学—微生物学]
  • 作者机构:[1]山东大学生命科学学院、微生物技术国家重点实验室,济南250100
  • 相关基金:国家自然科学基金(30671192,30470001);国家资源平台项目(2005DKA21208-3)
中文摘要:

【目的】利用16SrRNA和HSP60基因分子标记分析鉴定形态分类特征不稳定的粘细菌种属。【方法】利用粘细菌的传统分离纯化方法从土壤中分离粘细菌,根据菌株的形态特征进行分类,PCR方法扩增菌株的16SrRNA和HSP60基因序列并进行系统发育关系分析。【结果】根据形态特征,分离得到的15株粘细菌菌株归人孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)的2个科3个属。其中11株粘细菌具有典型的所在种属的子实体结构,而菌株0085.4、0121.3、NM03和Myx9736的子实体结构发生了不同程度退化。15株粘细菌的16SrRNA基因序列的相似性在95。4%到99.5%之间。而HSP60基因序列差异较大。【结论】在属水平上,粘细菌形态分类特征和16SrRNA基因系统进化关系具有很好的一致性:在揭示粘细菌种间系统发育关系中.HSP60基因序列更为适用。

英文摘要:

[Objective] Using the 16S rRNA or HSP60 gene sequences to identify the myxobacteria taxa at the levels of species and genus, which were difficult to be classified by their morphological characteristics. [Methods] 15 myxobacterial strains were isolated using the traditional isolation methods, and classified based on their morphological characteristics. The 16S rRNA and HSP60 gene sequences were amplified by PCR methods, and phylogenetically analyzed. [Results] Eleven strains possessed typical morphological characteristics, while the other four strains 0085-4, 0121-3, NM03 and Myx9736 were degenerated of fruiting body structures in different extents. The strains were classified into the suborder Cystobacterineae, located in three genera of two families based on their morphological characteristics. The 16S rRNA gene sequences were 95.4% to 99.5% homology, which were in good consistence with the classification of the morphology-based genera; while the HSP60 gene sequences were in longer phylogenetic distances. [Conclusion] The present morphology-based classification of myxobacteria is highly consistent with the phylogenetic results of 16S rRNA gene sequences at the levels of genera or higher taxa; while HSP60 gene sequences provides a more efficient method for identification of closely related myxobacteria species.

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期刊信息
  • 《微生物学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国微生物学会 中国科学院微生物研究所
  • 主编:谭华荣
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路3号中国科学院微生物研究所B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:actamicro@sun.im.ac.cn
  • 电话:010-64807516
  • 国际标准刊号:ISSN:0001-6209
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1995/Q
  • 邮发代号:2-504
  • 获奖情况:
  • 国家优秀期刊二等奖,中科院优秀期刊二等奖,中国科协首届优秀科技期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21879