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良恶性乳腺肿瘤外周血基因差异表达研究
  • ISSN号:1000-484X
  • 期刊名称:《中国免疫学杂志》
  • 时间:0
  • 分类:R730.3[医药卫生—肿瘤;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]电子科技大学生命科学与技术学院,成都610054, [2]四川省肿瘤医院,成都610041, [3]福建医科大学基础医学院,福州350108
  • 相关基金:国家自然科学基金(81201702); 四川省卫计委科研项目(No.120491;No.130295)
中文摘要:

目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R在线工具筛选差异表达基因,DAVID工具富集基因功能和通路。STRING数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,筛选核心基因。结果:良恶性乳腺肿瘤分别筛选到563和237个差异基因,乳腺癌差异基因涉及白细胞激活、血管生成等生物学过程以及白细胞跨内皮迁移信号通路。IL8、RHOB、ITGB1等为关键基因。结论:良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达模式存在明显差异,为将外周血作为替代材料应用于乳腺肿瘤的诊断及监测研究开辟了新思路。

英文摘要:

Objective: To observe the changes of gene expression in peripheral blood mononuclear cells( PBMCs) of benign and malignant breast tumor based on gene expression profiling. Methods: Datasets of gene expression profiling were downloaded from the GEO database,including PBMCs profilings of benign breast tumor,breast cancer and healthy controls. GEO2 R tool was used to analyze the data to identify the differentially expressed genes( DEGs). Function of DEGs were annotated by DAVID. Protein interaction analysis and hub gene select were then performed using STRING database. Results: 563 and 237 DEGs respectively were identified. DEGs in breast cancer involved in biological process of leukocyte activation,angiogenesis and leukocyte transendothelial migration. The hub genes are IL8,RHOB,ITGB1. Conclusion: The data suggests that gene expression patterns of these two profilings are different at a certain degree. PBMCs maybe a better noninvasive material for biomarker detection of benign and malignant breast tumor.

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期刊信息
  • 《中国免疫学杂志》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国免疫学会 吉林省医学期刊社
  • 主编:田志刚
  • 地址:长春市建政路971号
  • 邮编:130061
  • 邮箱:zhmizazh@126.com
  • 电话:0431-88925027
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-484X
  • 国内统一刊号:ISSN:22-1126/R
  • 邮发代号:12-89
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,2007年获吉林省新闻出版局期刊精品奖,2006年获中国科协精品期刊资助项目,2004年获首届北方八省优秀期刊奖,2003年中国免疫学杂志荣获第二届国家期刊奖(百种...,2001年中国免疫学杂志成为首批进入"中国期刊方阵"...,获1994年吉林省十佳期刊提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:20795