位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
鹅掌楸属SRAP分子标记体系优化及遗传多样性分析
  • ISSN号:1001-7488
  • 期刊名称:林业科学
  • 时间:2014.7
  • 页码:37-43
  • 分类:S718.46[农业科学—林学]
  • 作者机构:[1]南京林业大学林木遗传与生物技术省部共建教育部重点实验室,南京210037, [2]中国林业科学研究院科学技术处,北京100091
  • 相关基金:国家“863”项目(2013AA102705); 国家自然科学基金项目(31170619); 教育部“新世纪优秀人才支持计划”; 江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD)
  • 相关项目:杂交鹅掌楸体胚发生体系的比较蛋白质组学研究
中文摘要:

采用L16(45)正交设计,对鹅掌楸属SRAP-PCR反应的5个因素(Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和模板DNA浓度)在4个水平上进行优化试验,同时对SRAP反应影响较大的Mg^2+、Taq酶、模板DNA浓度进行单因素分析。建立鹅掌楸属植物SRAP-PCR最适反应体系(20μL),反应条件为:Mg2+3.0 mmol·L^-1,dNTPs0.3 mmol·L^-1,引物浓度0.9μmol·L^-1,Taq酶2.0μmol·min-1,模板DNA 90 ng,10×PCR buffer 2μL,不足部分以ddH2O补足。利用优化的SRAP体系对鹅掌楸属10个不同地理种源进行遗传多样性分析。筛选出15对条带清晰、多态性高的引物共扩增出182个位点,其中149个为多态性位点,多态性比例为81.87%。应用POPGEN 32软件通过UPGMA法进行聚类分析,从聚类图可以看出10个地理种源间的遗传距离及亲缘关系,表明SRAP分子标记可以运用于鹅掌楸属的遗传多样性研究。

英文摘要:

The SRAP-PCR reaction system of Liriodendron was optimized with an orthogonal design to choose the most proper concentrations of Mg2+ , dNTPs, primers, Taq polymerase and template DNA at four levels. The concentrations of Mg2+ , Taq polymerase, template DNA were further fine-adjusted with a single-factor design. The optimized SRAP-PCR system (total 20 μL)was as follows: Mg2+ 3.0 mmol. L-1, dNTPs 0.3 mmol·L-1, primer 0.9μmol·L-1, Taq polymerase 2.0 μmol- min-1 and DNA template 90 ng, 2 μL 10 PCR buffer and ddH20. With the system, genetic diversity of 10 provenances of Liriodendron was analyzed. The results showed that, 182 loci were generated from the 15 screened primer pairs, of which 149 loci were polymorphic. The percent of polymorphic loci was 81.87%. The dendrogram of Liriodendron was constructed based on cluster analysis (UPGMA) with the Package of POPGEN 32. The genetic distance and relative relationship of the 10 provenances of Liriodendron was shown by the dendrogram distinctly. It indicated that SRAP molecular marker could be widely used in genetic diversity analysis of Liriodendron.

同期刊论文项目
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《林业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国林学会
  • 主编:尹伟伦
  • 地址:北京万寿山后中国林学会
  • 邮编:100091
  • 邮箱:lykx@vip.sina.com
  • 电话:010-62889820
  • 国际标准刊号:ISSN:1001-7488
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1908/S
  • 邮发代号:82-6
  • 获奖情况:
  • 在三届"国家期刊奖"评选中,两次荣获中国期刊最高奖-"国家期刊奖",一次名列"国家期刊奖提名奖"第一名
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国工程索引,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:42472