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ABEEMσπ/MM力场模型下的多肽构象
  • ISSN号:0567-7351
  • 期刊名称:《化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O641.1[理学—物理化学;理学—化学] O621.13[理学—有机化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]复旦大学生命科学学院,上海200433, [2]渤海大学化学化工学院,锦州121000
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.20633050)和博士后科学基金(No.20070410689)资助项目.
中文摘要:

在ABEEM/MM蛋白质浮动电荷力场模型的基础上,加入孤对电子和π电荷位点,从而能够体现多肽和蛋白质分子中一些重要的各向异性极化性质,允许非化学键方向的电子转移和极化.利用从头计算数据拟合模型相关参数.计算得到的小分子团簇结合能、偶极矩、氢键键长等性质与从头计算结果符合很好.该经典极化模型力场能够重复量子场下丙氨酸二肽、丙氨酸四肽、甘氨酸三肽的各稳定构象,其稳定性顺序与精密从头计算结果相一致,其结构和能量性质较以往模型有一定提高,并优于其他力场模型.

英文摘要:

An ABEEM/MM (the atom-bond electronegativity equalization method fused into molecular mechanics) model that explicitly includes the lone pairs and conjugate π fluctuating charges was employed to study the peptide conformations. The non-bond direction charge transfers were allowed in some important cases. With the optimized parameters from the alanine dipeptide, the dipole moment, the binding energies and the hydrogen bond lengths of the molecule clusters calculated by the ABEEM/MM model agree well with the corresponding ab initio results. The improved model provided more reasonable structures and conformational potential for the alanine dipeptide, alanine tetrapeptide and glycine tripeptide than the previous model and other models listed in this paper. For the alanine tetrapeptide and glycine tripeptide, the RMS deviations for conformational energies and key dihedral angles are 2.89 kJ/mol, 6.4° and 2.01 kJ/mol, 8.7° from the ab initio LMP2/cc-pVTZ(-f)//HF/6-31G** and MP2/6-31G**//HF/6-31G** data respectively.

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期刊信息
  • 《化学学报》
  • 北大核心期刊(2014版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国化学会 中国科学院上海有机化学研究所
  • 主编:周其林
  • 地址:上海市零陵路345号
  • 邮编:200032
  • 邮箱:hxxb@sioc.ac.cn
  • 电话:021-54925085
  • 国际标准刊号:ISSN:0567-7351
  • 国内统一刊号:ISSN:31-1320/O6
  • 邮发代号:4-209
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,第二届国家期刊奖提名奖,中国期刊方阵“双高期刊”
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:28694