中国农业科研投资有效的促进了农业经济增长和贫困减少,但中国的农业经济发展和贫困人口以及农业科研投资都存在明显的地域差别。本文把中国分为八个农业生态区域,利用1990—2005年的省级面板数据,比较了不同区域的农业科研投资对农业经济增长和减少贫困的作用,并在此基础上,运用数学规划方法,研究了如何优化配置区域间的农业科研投资,从而更好的实现农业经济增长和减少贫困的目标。研究结果表明,农业科研投资的边际经济收益和边际减贫效果都较为显著,但区域间相差悬殊;优化农业科研投资区域分配可以较大幅度的提高农业经济增长率和减少贫困人口,但农业经济增长和减少贫困目标之间有些冲突,需要综合权衡两个目标分配各个区域的农业科研投资。