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临界布尔网络的函数泛化问题研究
  • ISSN号:0372-2112
  • 期刊名称:电子学报
  • 时间:2015.10
  • 页码:2076-2081
  • 分类:TN911[电子电信—通信与信息系统;电子电信—信息与通信工程]
  • 作者机构:[1]温州大学物理与电子信息工程学院,浙江温州325035, [2]温州大学城市学院,浙江温州325035, [3]西北工业大学计算机科学与技术学院,陕西西安710072
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.61572367,No.61272018,No.61174162,No.61332014);浙江省自然科学基金(No.R1110261,LYl3F010007)
  • 相关项目:复杂生物网络集的频繁模式挖掘算法研究
中文摘要:

布尔网络是研究基因调控网络的一种非常重要的模型,通过时序数据推理基因之间的调控关系是研究网络动态行为和干预策略的基础。现有的预测研究主要集中在基因之间的调控关系,而对调控基因与目标基因之间的布尔函数的作用方式研究甚少。由于基因调控网络是一种处于有序和无序之间的临界网络,本文研究了众数规则、基于偏斜和基于互信息的三种泛化方法对临界布尔网络的稳态分布距离和灵敏度误差的影响。结果表明合理的泛化能够明显提高预测网络的稳态分布距离和灵敏度误差指标。三种泛化方法中,基于互信息的泛化方法的总体性能最好。

英文摘要:

Boolean network has been a major model to study gene regulatory networks.Lots of work have been focused on inferring networks from time-series data and designing potential intervention policies.However,one important problem still remains unsolved,that is the generalization of Boolean function.In general,the inference algorithms always assume a random Boolean value for the unobserved states.As many theoretical and experimental results support that gene regulatory networks lie between the bound-ary of ordered and disordered regimes,we studied three generalization methods:the majority rule,bias-based and mutual information-based methods.Results both on simulation networks and melanoma network show that reasonable generalization can improve both the steady-state distribution distance and the sensitivity error.And among the three methods,the mutual information-based method performs better than the other two.

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期刊信息
  • 《电子学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国电子学会
  • 主编:郝跃
  • 地址:北京165信箱
  • 邮编:100036
  • 邮箱:new@ejournal.org.cn
  • 电话:010-68279116 68285082
  • 国际标准刊号:ISSN:0372-2112
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2087/TN
  • 邮发代号:2-891
  • 获奖情况:
  • 2000年获国家期刊奖,2000年获国家自然科学基金志项基金支持,中国期刊方阵“双高”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:57611