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花生EST-SSR分子标记的开发
  • ISSN号:1000-7091
  • 期刊名称:《华北农学报》
  • 时间:0
  • 分类:S565.03[农业科学—作物学]
  • 作者机构:[1]山东省花生研究所,山东青岛266100
  • 相关基金:基金项目:国家重点基础研究发展计划(2007CB116200);国家高技术研究发展计划(2006AA10A114;2007AA102189);农业公益性行业科研专项(NYHYZX07-14)
中文摘要:

利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaea L.)所构建的Unigene文库中的4074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11260条。通过软件分析发现两个EST库中共包含有1323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复。这些EST—SSR平均长度为18.88bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点。其中AG/TC、CTr/GAA重复出现的频率最大,分别占到2个核苷酸重复和3个核苷酸重复的39.3%和22.6%。

英文摘要:

53 177 ESTs from Genbank database in NCBI and 4 074 ESTs from Unigene library of El2 (Arachis hy- pogaea L. ) in our laboratory are analysed. Totally 11 260 non-redundant ESTs contigs are detected. 1 323 SSR loci are searched by software analysis in NCBI database and Unigene library, mainly di-and tri-nucleotide repeat motif except of few tetra-nucleotide repeat motif and compound repeat. In these EST-SSR loci, average length is 18.88 bp and average 8.5 ESTs contain one SSR loci. The AG/TC and CTF/GAA motif are most frequent types, accounting for 39.3 % and 22.6% in dinucleotide and trinucletide repeats, respectively.

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期刊信息
  • 《华北农学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:河北省农林科学院
  • 主办单位:山西省农业科学院 山西省农学会 河南省农业科学院 河南省农学会 天津市农业科学院 天津市农学会等
  • 主编:王海波
  • 地址:石家庄市和平西路598号
  • 邮编:050051
  • 邮箱:hbnxb@163.com
  • 电话:0311-87652166
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-7091
  • 国内统一刊号:ISSN:13-1101/S
  • 邮发代号:18-10
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,全国综合性农业核心期刊,中国科学引文数据库核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:32962