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家蚕蛋白质数据检索系统
  • ISSN号:0257-4799
  • 期刊名称:蚕业科学
  • 时间:0
  • 页码:993-999
  • 分类:S881.2[农业科学—特种经济动物饲养;农业科学—畜牧兽医] Q591.2[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]西南大学蚕学与系统生物学研究所,家蚕基因组学国家重点实验室,重庆400716, [2]重庆大学农学与生物技术学院,重庆400030
  • 相关基金:国家教育部“长江学者和创新团队发展计划”创新团队(No.IRT0750); 国家自然科学基金项目(No.30972147); 西南大学研究生科技创新基金优博项目(No.Kb2009003)
  • 相关项目:家蚕丝氨酸蛋白酶抑制剂基因的鉴定及功能研究
中文摘要:

蛋白质组研究对于基因功能的阐释具有极其重要的作用。为了使研究者方便快捷地查询到家蚕蛋白质组数据,以已鉴定的家蚕蛋白质数据为基础,在NetBeans 6.5开发环境中,于Rails 2.2.2编写框架下采用ruby 1.8.6语言,利用MySQL数据库实现对数据储存与调用,构建了家蚕蛋白质数据检索系统(http:∥www.silk2db.org:3000)。该系统不仅收录了已鉴定家蚕蛋白质的基础信息,还收录了试验条件、质谱峰图、肽段检索参数和参考文献等信息。研究者可以根据试验名称、家蚕组织或器官名称、登录号、蛋白质的等电点和分子质量范围等实现对这些蛋白质相关信息的快速查询。该系统数据可为家蚕基因功能研究提供有益信息和重要支撑,并能为家蚕蛋白质组学试验方法的探索与改进提供线索。

英文摘要:

Proteomic studies are of great significance in understanding gene functions.In order to provide a convenient and quick access to silkworm(Bombyx mori) proteomic data for researchers,this study constructed a silkworm protein data retrieval system based on the identified silkworm proteins.This system was compiled with ruby 1.8.6 language in Rails 2.2.2 framework under the NetBeans 6.5 software development environment and employed MySQL database to execute data storage and calling.This system not only collected basic information of identified silkworm proteins,but also stored information of experimental conditions,mass spectral images,peptide searching parameters,and related references of the identified proteins.Researchers can have a quick search to related information of these proteins by using keywords describing experimental title,name of silkworm tissue or organ,accession number,range of protein isoelectric point or molecular weight.This system forms an important and useful information basis for functional studies of silkworm genes,and also provides clues for exploring and improving experimental strategies in silkworm proteomic studies.

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期刊信息
  • 《蚕业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国蚕学会 中国农业科学院蚕业研究所
  • 主编:郭锡杰
  • 地址:江苏省镇江市四摆渡中国农业科学院蚕业研究所
  • 邮编:212018
  • 邮箱:CYKE@chinajournal.net.cn
  • 电话:0511-85616835
  • 国际标准刊号:ISSN:0257-4799
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1115/S
  • 邮发代号:28-23
  • 获奖情况:
  • 中国科协优秀科技期刊,全国农业学会优秀期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:7742