文章探讨了资源共享生产情景下,更为一般化的两阶段模型,两个子系统之间不仅有中间变量,第二子系统存在独有的投入。目前DEA领域还无法处理这类系统的效率评价问题,而实际应用中广泛存在这类系统。本文构建了该类系统DEA集中式和非合作式的博弈论效率评价模型。针对该方法是非线性模型,本文提出了相应的线性化算法解决了计算问题,最终应用于2011年中国各地区R&D活动效率评价,探讨各地区资源分配情况。发现经济落后的新疆地区在政府科技投入帮助下,利用科学技术有效地促进经济增长,同时在集中式模型下,R&D活动能将资源均衡地分配到两子系统;而非合作模型下R&D技术转化子系统获得更多资金支持。