位置:成果数据库 > 期刊 > 期刊详情页
一种基于最优局部信息融合的蛋白质亚细胞定位预测方法
  • ISSN号:0529-6579
  • 期刊名称:《中山大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:TP391.4[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]中山大学数学与计算科学学院,广东广州510275, [2]中山大学信息技术与科学学院,广东广州510275, [3]中山大学生命科学技术学院,广东广州510275
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(60675016,60633030)
中文摘要:

基于蛋白质的合成及分选机制,提出了一种新的蛋白质亚细胞定位预测方法。先采用遍历搜索技术,找出各种亚细胞蛋白质序列分选信号和成熟蛋白质之间的最佳分割位点,把蛋白质序列分为两条子序列,计算这两条子序列中的氨基酸组份并将它们融合起来作为整条蛋白质序列的特征,然后构造用于识别每类蛋白质的最佳子分类器,再根据最大化原则组建集成分类器。在NNPSL数据集上,采用5重交叉验证方法对本文方法进行测试,原核和真核两个蛋白质序列子集分别取得94.1%和87.5%的总体预测精度。同时,此方法在一些蛋白质序列中找到的分割位点与真实生物现象相吻合,能为预测蛋白质序列的剪切位点提供参考信息。

英文摘要:

Prediction of protein subcellular localization can help infer the function of proteins and apply insight into the interaction between proteins. A novel approach based on the sorting mechanism of proteins, is proposed for predicting subcellular localization of proteins. An optimal splice site is found through iterative searching technique to divide the sequence into sorting signal and mature protein subsequenee for each kind of proteins. When designing the classifier, a sub-classifier is built to discriminate each kind of protein from the rest, these sub-classifiers are then combined into an ensemble classifier to predict the subcellular localization of unknown proteins. Through fivefold cross-validation tests on NNPSL datasets and TargetP datasets, overall accuracies of 94. 1% and 87.5% are obtained for prokaryotie and eukaryotie proteins respectively, as for TargetP datasets, the overall accuracies are 90. 2% and 93.9% for plant and non-plant proteins respectively. Meanwhile, the optimal splice sites found in this paper are coincided with the biological facts in most of kinds protein, this can help predict the cleavage sites of proteins.

同期刊论文项目
期刊论文 13 会议论文 11 专利 1
期刊论文 81 会议论文 45 获奖 3 专利 42 著作 1
同项目期刊论文
期刊信息
  • 《中山大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:中山大学
  • 主编:王建华
  • 地址:广州市新港西路135号
  • 邮编:510275
  • 邮箱:xuebaozr@mail.sysn.edu.cn
  • 电话:020-84111990
  • 国际标准刊号:ISSN:0529-6579
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1241/N
  • 邮发代号:46-15
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期...,广东省优秀科学技术期刊一等奖,《中文核心期刊要目总览》综合性科技类核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18509