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基于ITAFSVM的微阵列数据特征选择和分类
  • ISSN号:0529-6579
  • 期刊名称:《中山大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:TP18[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]广东商学院数学与计算科学学院,广东广州510320
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金资助项目(10771220);教育部高等学校博士点科研基金资助项目(SRFDP一20070558043)
作者: 戴宏亮[1]
中文摘要:

支持向量机已经被成功应用于基因表达谱数据分析。但是,仍有开放问题需要解决:①支持向量机不能自动进行基因表达谱数据的特征选择;②支持向量机的参数优选没有简单有效的办法。一种新型具有良好特性的支持向量机——全间隔自适应模糊支持向量机(TAFSVM)被提出。并且提出一种新的遗传算法——智能遗传算法(IGA)来设计一个TAFSVM分类器,称为ITAFSVM,同时优化TAFSVM参数集和特征选择,并且结合10一fold交叉验证来确定其泛化能力。最后将ITAFSVM应用于四种基因表达谱数据集。通过与进化支持向量机(ESVM)方法、粗糙集与径向基神经网络组合(RBF—RBFNN)方法进行了比较,实验结果表明运用ITAFSVM不仅可以自动进行基因表达谱数据特征选择,而且分类精度和稳定性都较高,速度更快。

英文摘要:

SVM has been successfully employed to solve the analysis of gene expression data. However, there are still open issues which need to be addressed : (1) SVM does not offer the mechanism of automatic internal relevant feature selection; (2) There are no simple and effective means to confirm the appropriate parameters setting of SVM. In this study, total margin-based adaptive fuzzy support vector machine (TAFSVM) which has good quality is proposed. In addition, it is proposed an evolutionary approach to design a TAFSVM-based classifier ( named ITAFSVM) by simultaneous optimization of automatic feature selection and parameters tuning using an intelligent genetic algorithm (IGA) , combined with 10-fold crossvalidation regarded as an estimator of generalization ability. Subsequently, the model of ITAFSVM is used to analyze four gene expression datasets. Comparisons with evolutionary support vector machine and a combination of rough-based feature selection and RBF neural network are reported. The experimental results indicate that the proposed ITAFSVM model can not only accomplish automatic feature selection, but also achieve higher classification accuracy, stable and faster speed.

同期刊论文项目
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期刊信息
  • 《中山大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:中山大学
  • 主编:王建华
  • 地址:广州市新港西路135号
  • 邮编:510275
  • 邮箱:xuebaozr@mail.sysn.edu.cn
  • 电话:020-84111990
  • 国际标准刊号:ISSN:0529-6579
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1241/N
  • 邮发代号:46-15
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期...,广东省优秀科学技术期刊一等奖,《中文核心期刊要目总览》综合性科技类核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18509