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粉尘螨变应原第6组分全长cDNA克隆及生物信息学分析
  • ISSN号:1000-484X
  • 期刊名称:《中国免疫学杂志》
  • 时间:0
  • 分类:R384.4[医药卫生—医学寄生虫学;医药卫生—基础医学] R757.3[医药卫生—皮肤病学与性病学;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]盐城卫生职业技术学院病原生物学教研室,盐城224006, [2]海南医学院海南省热带病重点实验室,海口571101
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.30603166,No.30860261)、盐城市科技发展计划(No.YK2008079)、海南省卫生厅自然科学课题(琼卫2005.6号)
中文摘要:

目的:获得粉尘螨变应原第6组分编码基因并了解其分子特征。方法:根据GeneBank已公布的Derf6核酸序列设计引物,用RT-PCR扩增获得其编码基因,插入pMD19-T载体进行序列测定和生物信息学分析。结果:获得的Der f6 cD-NA全长为840 bp,与参考序列同源性达96.8%,含1个完整的开放读码框。推测编码蛋白由279个氨基酸组成,信号肽序列位于1~19 aa,亲水性指数为-0.139,跨膜区域位于1~19 aa,二级结构由α-螺旋(7.17%)、延伸主链(36.56%)和无规卷曲(56.27%)组成;亚细胞定位于细胞外,N-端第6位和第11位的亮氨酸有明显的序列核输出信号;可能为糜蛋白酶,具有cAMP和cGMP依赖的蛋白激酶磷酸化位点、蛋白激酶C磷酸化位点、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、N端酰基化位点等。结论:获得了Derf6基因全长,其编码的细胞外疏水性蛋白可能具有糜蛋白酶活性。

英文摘要:

Objective : To obtain the gene enceding the group 6 allergen of Dematophagoh/esfar/nae (Derf6),and to explore its molecular characteristics. Methods: The total RNA of Dermatophagoides farinae was extracted, and the full-length Der f 6 was amplified by RTPCR with the primers designed according to previous sequence published in GeneBank. The target gene was linked into pMD19-T plasmid, sequenced and analyzed by bioinfonnatics software.Results: The cDNA for Derf 6 was obtained with 840 bp in full-length,one open reading fragment (ORF),and 96.8% homology with the reference sequence. The protein encoded by this sequence was deduced to be consisted with 279 amino acids,both signal sequence and transmembrane regions from 1 to 19 position, whose grand average of hydropathicity (GRAVY) was computed to be -0. 139, and the secondary structure was composed by alpha helix (7.17%),extended strand (36.56%) and random coil (56. 27%) .According to NetNKS 1.1 Server, the most possible nuclear export signals should be at 6 and 11 position amino acid.This protein may be chymotrypsin, and had cAMP- and cGMP- dependent protein kinase phosphorylafon site, Protein kinase C phosphorylation site, Casein kinase 11 phosphorylation site, N-myristoylation site and some other sites. Conclusions: The full-length cDNA for Derf 6 is obtained, which should encode a hydrophobic extracellular protein associated with chymotrypsin.

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期刊信息
  • 《中国免疫学杂志》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国免疫学会 吉林省医学期刊社
  • 主编:田志刚
  • 地址:长春市建政路971号
  • 邮编:130061
  • 邮箱:zhmizazh@126.com
  • 电话:0431-88925027
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-484X
  • 国内统一刊号:ISSN:22-1126/R
  • 邮发代号:12-89
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,2007年获吉林省新闻出版局期刊精品奖,2006年获中国科协精品期刊资助项目,2004年获首届北方八省优秀期刊奖,2003年中国免疫学杂志荣获第二届国家期刊奖(百种...,2001年中国免疫学杂志成为首批进入"中国期刊方阵"...,获1994年吉林省十佳期刊提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:20795